همان‌گونه که انتظار می‌رفت، منتقد سرسخت کرملین کمی پس از فرود هواپیمایش در مسکو بازداشت شد. میدان هوایی مملو از ماموران امنیتی و پولیس بود و دستگیری به بهانه یک پرونده مفتوح و ترک کشور در دوران حبس تعلیقی انجام گرفت. الکسی ناوالنی عصر یکشنبه ۱۷ جنوری همراه همسرش از برلین عازم مسکو و کوتاه پس از ورود به کشورش بازداشت شد. شماری از روزنامه‌نگاران آلمانی نیز او را در این سفرهمراهی می‌کردند. خبرنگار اشپیگل می‌گوید ماموران او را در بخش کنترل گذرنامه دستگیر کردند. ناوالنی از چند روز قبل خبر داده بود که با خطوط هوایی پوبدا به مسکو برمی‌گردد. محل فرود اما با دستور مقامات روسی تغییر کرد. هواپیما قرار بود ساعت  در میدان هوایی وونکوو در جنوب غربی فرود بیاید اما خلبان ناچار شد در میدان هوایی بین‌المللی شرمتیوو به زمین بنشیند. به کاپیتان هواپیما گفته شده بود که باند میدان هوایی اول مسدود است و باید در آسمان بچرخد تا محل جایگزین مشخص شود. هواپیمای حامل ناوالنی سرانجام در حالی به زمین نشست که میدان هوایی به قرق نیروهای امنیتی و یگان ویژه پولیس درآمده بود. خبرگزاری‌ها نوشته‌اند که این ماموران با تجهیزاتی چون باتوم و همراه داشتن سگ، در راهروهای میدان هوایی قدم می‌زدند و خبرنگاران و افرادی را که بلیط نداشتند، از سالن بیرون می‌کردند. شمار زیادی از همفکران و نزدیکان ناوالنی برای استقبال از او در این میدان هوایی جمع شده بودند که پولیس آنها را پراکنده کرد. ناوالنی در دستگاه قضایی روسیه چند پرونده مفتوح دارد. از جمله پرونده‌ای با اتهام سوءاستفاده مالی و حساب‌سازی. دادگاهی در مسکو می‌گوید او برای یک پرونده اتهامی مربوط به سال ۲۰۱۴ احضار شده بود و با ترک کشور مقررات را نقض کرده است. کمیته تحقیق روسیه او را متهم کرده که از کمک‌های مالی ۹، ۳ میلیون یورویی به صندوق ضد فساد، برای مقاصد شخصی از جمله خرید املاک و پرداخت هزینه تعطیلات و سفر استفاده کرده است خبرگزاری "ریانووستی" می‌نویسد که ناوالنی به دلیل پایبند نبودن به مقررات آزادی موقت بازداشت شده است. بسیاری از کانال‌های تلگرامی وابسته به اپوزیسیون روسیه نیز نوشته‌اند که وکیل ناوالنی در زمان دستگیری،  حق همراهی او را نیافته است.
اتحادیه اروپا و امریکا خواستار آزادی فوری آلکسی ناوالنی شدند
مایک پمپئو، وزیر خارجه امریکا دستگیری آلکسی ناوالنی توسط مقامات امنیتی روسیه را محکوم کرد و خواستار آزادی او شد. هماهنگ‌کننده سیاست خارجی اتحادیه اروپا نیز از مقامات روسیه خواست "از سیاسی کردن قوه قضاییه پرهیز کنند". مایک پمپئو، وزیر امور خارجه امریکا خواستار آزادی فوری ناوالنی شد و تصریح کرد که ایالات متحده بازداشت آلکسی ناوالنی را به شدت محکوم می‌کند. وزیر امور خارجه امریکا این اقدام دولت روسیه را تلاشی در راستای خاموش کردن صدای مخالفان و اپوزیسیون در این کشور دانسته و مقامات روسیه را فرا خواند تا برای همه داوطلبان شرکت در انتخابات شرایطی برابر در نظر گیرند. در این میان جیک سالیوان، مشاور امنیت ملی دولت جو بایدن نیز خواستار آزادی فوری ناوالنی شده است. کنت روث، رئيس سازمان دیده‌بان حقوق بشر نیز بازداشت ناوالنی را محکوم کرد و گفت: «بازگشت آلکسی ناوالنی به روسیه پس از آنکه جاسوسان دولت روسیه به جان او سوءقصد کرده بودند، اقدامی واقعا قهرمانانه است.» ناوالنی گفته بود که مایل است بخشی از جنبش دموکراسی‌خواهی در روسیه باشد و نه یک شهروند ناراضی در تبعید. سیاستمداران اتحادیه اروپا نیز با انتشار چند پست توییتری، دستگیری ناوالنی را محکوم کرده‌اند. شارل میشل، ريئس شورای اتحادیه اروپا خواستار آزادی ناوالنی شده است. او دستگیری ناوالنی پس از ورود به خاک روسیه  را "غیرقابل قبول" دانست. از سوی دیگر، جوزپ بورل، هماهنگ‌کننده سیاست خارجی اتحادیه اروپا نیز از مقامات قضایی روسیه درخواست کرده است به حقوق ناوالنی احترام گذاشته و از سیاسی کردن تصمیمات قوه قضاییه در آن کشور پرهیز کنند.