دیدار ۵۵ دقیقه‌ای رهبر کاتولیک‌های جهان و مرجع شیعیان، بدون حضور مقامات عراقی، پشت درهای بسته و بدون تشریفات برگزار شد. آیت‌الله سیستانی بر لزوم تلاش رهبران مذهبی و معنوی در جلوگیری از جنگ و فجایع انسانی تاکید کرد.
پاپ فرانسیس در دومین روز سفر به عراق، به دیدار مرجع تقلید شیعیان رفت. خبرگزاری رویترز به نقل از یک مقام دفتر ریاست جمهوری عراق، گزارش داده که سیستانی به شرط عدم حضور مسئولان عراقی، ملاقات با پاپ را پذیرفته بود.
آیت‌الله سیستانی تا کنون با هیچیک از نخست‌وزیران عراق دیدار نکرده و با مقامات دیگر نیز به ندرت دیداری رسمی داشته است. در تصاویر اندکی که از این ملاقات منتشر شده، چند کاردینال نیز در کنار پاپ دیده می‌شوند. دیدار پشت درهای بسته، بدون تشریفات معمول و بدون حضور روزنامه‌نگاران انجام گرفت. استقبال از پاپ و بدرقه او در این دیدار بر عهده حامد خفاف سخنگوی  دفتر سیستانی بود.
در بیانیه دفتر این مرجع مذهبی آمده که طرفین در باره "چالش‌های بزرگ بشریت در دوران حاضر" و لزوم پایبندی به ارزش‌های اخلاقی برای غلبه بر این چالش‌ها صحبت کرده‌اند.
به نوشته وبسایت "شفقنا" و به نقل از بیانیه، آیت‌الله سیستانی در باره بی‌عدالتی، ستم، فقر، آزار دینی و فکری، سرکوب آزادی‌های اساسی و فقدان عدالت اجتماعی در کشورهای مختلف، جنگ‌ها و اقدامات خشونت‌بار، محاصره اقتصادی، آوارگی و دیگر مشکلات ملت‌های منطقه به ویژه ملت فلسطین صحبت کرده است.
به غیر از این بیانیه، گزارشی از موضوع گفت‌و‌گو دو مقام منتشر نشده است.
خبرگزاری‌ها ملاقات این دو مقام را "تاریخی" توصیف کرده‌اند. این نخستین مرتبه است که یک پاپ با یک مرجع شیعه در این سطح دیدار می‌کند. به گزارش رسانه‌ها، شماری از گروه‌های شبه‌نظامی شیعی دیدارپاپ و سیستانی  را "زمینه مداخله غرب در امور عراق" دانسته و با آن مخالفت کرده بودند.
پاپ ۸۴ ساله است و آیت‌الله سیستانی ۹۰ سال دارد. او که در زمان حاکمیت صدام حسین، سال‌ها در حبس خانگی بود، نفوذ زیادی در افکار عمومی عراق دارد و از حامیان اعتراضات ضد دولتی و جنبش مخالفت با مداخله خارجی  در این کشور است.
سیستانی در انظار عمومی ظاهر نمی‌شود و دفتر او با انتشار بیانیه و فتوا، مواضع و نظراتش را بازتاب می‌دهد.
پاپ در بدو ورود به بغداد، دیدار از عراق را به عنوان یک کشور رنج دیده، وظیفه خود دانسته و طی سخنانی در برابر سیاستمداران عالی‌رتبه، نمایندگان پارلمان و هیات‌های دیپلماتیک خارجی از جمله گفت: «نباید از نام خدا برای خشونت و تروریسم استفاده کرد.»
رهبر کاتولیک‌های جهان بعد از ترک خانه سیستانی، عازم شهر بولایتی اور شد که زادگاه ابراهیم پیامبر خوانده می‌شود.