سرور دانش معاون دوم رئيس جمهور در واکنش به حمله تروريستي بر مسجد الزهرا گفته است که حمله بر مساجد و اماکن مذهبي و به خاک و خون کشيدن مردم ملکي و بي‌گناه در هيچ دين و آئيني جواز ندارد. معاون رئيس جمهور در پيام خود، اين حمله را به شدت محکوم کرده و گفته که دشمنان مردم افغانستان با دست زدن به چنين اعمال وحشيانه، نشان داددند که به هيچ ارزشي ايمان ندارند و بجز ويراني و کشتار به چيز ديگري نمي انديشند. آقاي دانش با اشاره به حمله‌هاي اخير در کابل و هرات گفته که اين حملات نشان مي‌دهد که مردم افغانستان با دشمنان« خطرناک‌تر از آنچه پنداشته مي‌شود» رو برو هستند.
او تاکيد کرده که مبارزه با چنين دشمني بجز با همبستگي، وحدت و همکاري مشترک دولت و ملت افغانستان ممکن نيست. آقاي دانش در بخشي از پيام خود به وحدت مردم افغانستان در روزهاي دشوار اشاره کرده و گفته که:« من باور دارم که رويداد هاي اين چنين تلخ و مصيبت بار، مردم افغانستان را که در طول تاريخ با رواداري ديني و مذهبي، برادر گونه در کنار هم زندگي کرده‌اند، بيش از پيش در برابر توحش و بر بريت صفوف آنان را فشرده تر خواهد ساخت و اين يکدلي، مشت محکم و جواب دندان شکن به همه بدکيشان و بدانديشاني خواهد بود که خيال خام تفرقه و نفاق بين مردمِ باهم برادر و مسلمان افغانستان را در سر مي پرورانند.» معاون رئيس جمهور در پيام خود از نيروهاي امنيتي تشکر کرده و فداکاري آنها را ستوده است. او گفته نيروهاي امنيتي مانع يک قتل عام عظيم در مقياس بزرگتر شدند و جا دارد از آنها سپاسگزاري کنيم.
داکتر عبدالله عبدالله رئيس اجرائيه نيز در پيامي اين حمله را محکوم کرده است. رئيس اجرائيه نيز با اشاره به حمله بر مساجد و مکان‌هاي مذهبي نوشته است که دين و آئيني که تروريستان تحت نام آن دست به قتل و کشتار نمازگزاران و روزه داران مي‌زنند، با دين مقدس اسلام تفاوت کامل دارد. او گفته قصاوت و خشونتي که دشمن سفاک به نمايش مي‌گذارد، آينده مردم صبور مارا با آنان براي هميش از هم جدا ساخته است.
محمد کريم خليلي  رئيس شوراي عالي صلح نيز اين حمله را به شدت محکوم کرده و گفته حمله بر مساجد و نمازگزاران حمله بر شعائر اسلامي و تمام ارزش‌هاي ديني و مذهبي است. آقاي خليلي گفته که تروريست‌ها با اينگونه حملات مي‌خواهند که نفاق و بدبيني را ميان پيروان مذاهب اسلامي در کشور  ما دامن بزنند، اما مردم ما آگاه‌تر از آن است که در دام چنين توطئه‌ها گرفتار شود.  افزايش حملات بر اماکن مذهبي و تجمعات عمومي،‌ نگراني‌ها از بوجود آمدن تنش‌هاي قومي و مذهبي را افزايش داده است. اما مقامات حکومت و رهبران سياسي همواره تاکيد کرده‌اند که اينگونه حملات نمي‌توانند سازگاري مذهبي را در افغانستان از بين ببرد و تنش‌هاي قومي و مذهبي را دامن بزنند.