هر چند که در سال‌های اخیر، تعداد مراکز تحصیلی خصوصی در افغانستان رو به افزایش بوده‌است، اما وزارت تحصیلات عالی می‌گوید در این میان دانشگاه‌های  نیز وجود دارد که به دلیل پائین بودن کیفیت، فعالیت شان نگران کننده است.
عبداللطیف روشان سرپرست وزارت تحصیلات عالی روز یکشنبه در نشستی که از سوی جامعه مدنی «عدالت برای همه» به هدف ستایش از ده بهترین کامیابان امتحان کانکور برگزار شده بود گفت، رهبری وزارت تحصیلات عالی تصمیم گرفته است تا در آینده نزدیک همه‌ی مراکز تحصیلی خصوصی را از نظر کیفیت با جدیت ارزیابی و درجه بندی کند.
وی گفت: « ما می‌خواهیم که پوهتنون‌ها خصوصی را جدی بررسی کنیم، بعضی پوهنتون‌ها استند که زحمت زیاد کشیدن نتایج خوبی داشته اند، پوهنتون‌های که مشکلات نسبی دارند و پوهنتون‌ها که واقعاً فاجعه است در مورد آن تصمیم جدی می‌گریم و طبقه بندی آن را می‌خواهیم تا در آینده نزدیک اعلان کنیم تا بتوانیم خوب و بد را تفکیک کنیم.»
این در حالیست که طی سال‌های اخیر، در مرکز و ولایات افغانستان در حدود هشتاد پوهنتون و موسسه تحصیلات عالی خصوصی به فعالیت آغاز کرده‌اند.
شماری از محصلین برخی پوهنتون‌های خصوصی در صحبت با رادیو آزادی از کمبود تجهیزات علمی و مسلکی در این پوهنتون‌ها شکایت کرده‌اند.
اما مسئولین پوهنتون‌های خصوصی می‌گویند که فعالیت آنان بار سنگینی را در بخش تحصیلات عالی از دوش حکومت کم ساخته است و به گفته آنان اگر با آنان همکاری صورت گیرد در مدت کم کیفیت این پوهتنون‌ها نیز قابل قناعت خواهد شد.
عبدالله واحد یار رئیس پوهنتون خصوصی آشنا در مورد به رادیو آزادی گفت:  «پوهنتون‌های خصوصی در افغانستان مجموعاً به شکل نسبی فعالیت خوبی دارند اما شاید پوهنتون‌های باشد که فعالیت‌های شان مطابق به معیار نباشد ولی به اطمینان برای تان گفته می‌توانم که اگر پوهنتون‌های خصوصی حمایت شوند می‌توانند تحصیلات با کیفیت را به محصلین ارائه کنند.»
از سوی هم برخی از محصلین که وضعیت اقتصادی‌شان خوب نبوده و به پوهنتون‌های دولتی نیز راه نیافته اند از بلند بودن فیس پوهنتون‌های خصوصی شکایت دارند. اما وزارت تحصیلات عالی می‌گوید که در کنار ارزیابی کیفی این پوهنتون‌ها امور مالی آنان نیز ارزیابی خواهد شد. باید گفت که ریاست پوهنتون‌های خصوصی وزارت تحصیلات عالی قبل از این نیز از ارزیابی پوهنتون‌های خصوصی یاد آورد شده و گفته است، پوهنتون‌های که فعالیت‌های مطابق به معیار نداشته اند از سوی این ریاست مسدود شده‌است. در عین حال مسئولین این ریاست موضوع محصلین خیالی را در پوهنتون‌های خصوصی نیز پذیرفته بودند و گفته اند که در مورد این محصلین و ادارات ذیربط تحصیلی نیز تصمیم گرفته خواهد شد. ( رادیو آزادی)