شورای امنیت سازمان ملل متحد در آخرین گزارش خود در مورد القاعده و دولت اسلامی‌ هشدار می‌دهد که هر دو گروه حضور قابل توجهی در افغانستان دارند. سازمان ملل متحد رابطه القاعده با طالبان را طولانی مدت و قوی توصیف می‌کند و می‌گوید که سازمان‌های تروریستی بین‌المللی افغانستان را به عنوان پناهگاه امن برای رهبری شان می‌پندارد.
ارزیابی جدید در این مورد در ماه جنوری سال جاری انجام شد و در اوایل ماه فبروری منتشر شد. این گزارش به دنبال گزارش قبلی سازمان ملل که در تابستان سال 2018 میلادی انجام شده بود به نشر رسیده است. در آن گزارش که در ماه جنوری سال 2018 میلادی منتشر شده بود، سازمان ملل متحد گفته بود که اتحاد القاعده با طالبان و سایر گروه‌های تروریستی در افغانستان همچنان پایدار است.
مجله لانگ وار ژورنال(Long War Journal) از حضور القاعده و دولت اسلامی در افغانستان بر اساس دو گزارش اخیر سازمان ملل متحد تحلیلی را ارائه کرده که این اطلاعات براساس گزارش‌های عملیاتی نیروهای نظامی ایالات متحده امریکا و نیروهای امنیتی افغانستان در سال‌های اخیر تکمیل شده است.
بر اساس این گزارش القاعده در شبه قاره هند حضور دارد و هم چنین دولت اسلامی به صورت نسبی و پراکنده در 13 ولایت افغانستان فعالیت دارد.
ایالات متحده امریکا با طالبان در حال مذاکره است. زلمی‌ خلیل‌زاد که هیأت امریکایی را رهبری می‌کند، اظهار داشت که از تعهد طالبان برای استفاده نشدن خاک افغانستان توسط گروه‌های تروریستی بین‌المللی راضی است. دو گزارش اخیر سازمان ملل متحد و سایر شواهد نشان می‌دهند که سازمان‌های تروریستی در نقاط مختلف افغانستان، از جمله در مناطق تحت کنترل طالبان، فعالیت دارند. گروه طالبان که از سال 1990 میلادی به این طرف به طور مرتب در مورد روابطش با گروه تروریستی القاعده دروغ گفته است، با این حال زلمی خلیل‌زاد توضیح نداده است که چرا اکنون او به طالبان اعتماد دارد.
سازمان ملل متحد خاطرنشان می‌کند که ایمن الظواهری، حمزه بن لادن و رهبر طالبان بر اهمیت روابط و اتحاد القاعده با طالبان به طور مکرر و علنی تأکید کرده است. القاعده همچنان افغانستان را به عنوان پناهگاه امن برای اعضای خود می‌داند و این گروه در تلاش است که از مناطق دور افتاده این کشور به عنوان پناهگاه امن برای مربیان و اعضای خانواده خود استفاده کنند.
گزارش‌های قبلی سازمان ملل متحد برخی از ولایت‌های افغانستان را که در آن القاعده فعالیت می‌کند، ذکر کرده است؛ اما جدیدترین گزارشی که در این مورد ارائه شده است ولایت‌های بدخشان و پکتیکا را بیشتر مورد توجه قرار می‌دهد.
القاعده قصد دارد که حضور خود را در ولایت بدخشان به ویژه در ولسوالی شیغنان که هم سرحد با تاجکستان است تقویت کند.
 بر اساس اطلاعات کشورهای عضو، سازمان ملل متحد گزارش می‌دهد که حدود 5 در صد جنگ‌جوی تروریستی خارجی در ولایت بدخشان فعالیت دارد که بیشتر آن‌ها از کشورهای ازبکستان، تاجکستان، قرغیزستان، قفقاز شمالی و پاکستان استند. بر اساس گزارش‌ها این گروهک‌های تروریستی به دلیل نداشتن منابع  مالی مستقل تحت حمایت طالبان فعالیت دارد. بنابراین، با کمک‌های مالی طالبان و القاعده دست به فعالیت‌های تروریستی می‌زنند.
به گفته سازمان ملل متحد جنبش اسلامی ‌تركستان شرقی (Eastern Turkistan Islamic Movement)كه بیشتر به نام حزب اسلامی ‌ترکستان(TIP) شناخته می‌شود، نیز در مناطق تحت كنترول طالبان در ولایت بدخشان حضور دارد. حاجی فرقان به عنوان رهبر محلی جنبش اسلامی ‌تركستان شرقی و مولوی ابراهیم به عنوان معاون وی شناخته می‌شود. در اوایل سال 2018 میلادی ارتش امریكا اردوگاهای آموزشی طالبان در بدخشان را كه توسط جنبش اسلامی ‌تركستان شرقی و سایر گروه‌های تروریستی استفاده می‌شد تخریب کرد. سازمان ملل متحد هشدار می‌دهد که امنیت آسیای مرکزی عمدتا از سوی این گروه‌های تروریستی در بدخشان، که شامل جماعت انصارالله تاجکستان نیز می‌شود در خطر است.
رادیو اروپای آزاد در یکی از گزارش‌های اخیرش از حضور قوی طالبان در بدخشان، جای که این گروه نسخه خشن از شریعت اسلامی را بر مردم محلی تحمیل می‌کند پرده برداشت. به گفته سازمان ملل متحد، جنگ‌جویان تروریستی خارجی به دنبال مکانی است که مردم آن مهمان‌نواز باشند.
یکی دیگر از نقاط آسیب‌پذیر برای دولت افغانستان و مکان مورد علاقه تروریستان به ویژه القاعده ولایت پکتیکا است. سازمان ملل متحد می‌گوید القاعده مشتاق گسترش حضور خود در ولسوالی برمل این ولایت است. پکتیکا پناهگاه‌ امن برای شبکه حقانی نیز گفته می‌شود. سازمان ملل متحد یادآور می‌شود که شبکه حقانی، که بخشی جدایی ناپذیر طالبان است، روابطش را با القاعده نیز حفظ کرده است.
جهادگرایان ازبک که به نام جنبش اسلامی ‌ازبکستان یاد می‌شود نیز تحت حمایت طالبان فعالیت می‌کند. به گفته سازمان ملل متحد جنبش اسلامی ازبکستان به گروه‌های کوچکی تقسیم شده اند که وابسته به طالبان می‌باشند. گروه تروریستی جهاد اسلامی که شاخه‌ای از "جنبش اسلامی ازبکستان" است در سال 2007 میلادی نقشه حمله تروریستی بر امریکایی‌ها را در جرمنی طرح ریزی کرده بود و گروه تروریستی کتیب التوحید والجهاد(Katibat al-Tawhid wal Jihad) برای جنگ‌جویان طالبان آموزش نظامی را فراهم می‌کنند.
سازمان ملل متحد هشدار می‌دهد که برخی از این گروه‌ها خواهان نفوذ در کشورهای آسیای مرکزی هستند اما آن‌ها اکنون طبق هدایت طالبان مجبور شده اند که حملات خود را در افغانستان متمرکز کنند.
خلاصه‌ای از گزارش ماه جنوری سازمان ملل متحد در مورد دولت اسلامی شاخه خراسان:
سازمان ملل برآورد کرده است که حدود 2500 تا 4000 جنگ‌جوی دولت اسلامی در افغانستان حضور دارد. طوری که مجله لانگ وار ژورنال (Long War Journal) در گذشته در این مورد ارزیابی‌های داشته است؛ اما ارائه ارقام دقیق در مورد تعداد افراد گروه‌های تروریستی دشوار است. با این حال، با توجه به مقیاس عملیات دولت اسلامی‌ در افغانستان، به نظر می‌رسد که سازمان ملل متحد ارقام نزدیک به واقعیت را ارائه کرده است.
پس از قتل ابو سعید باجوری امیر دولت اسلامی شاخه خراسان در ماه جولای سال 2018 میلادی، شورای رهبری دولت اسلامی مولوی ضاء‌الحق (معروف به ابوعمرالخراسانی) را جای‌گزین او کرد. رهبر محلی دولت اسلامی‌ با گروه‌های تروریستی در سوریه و عراق ارتباطات نزدیک و مستحکم برقرار می‌کند.
دولت اسلامی در سال گذشته با وجود شکست در ولایت  جوزجان، در سایر نقاط افغانستان، به ویژه در شرق این کشور حضور داشته اند.
طالبان در ماه جولای سال 2018 میلادی بر پایگاه‌های دولت اسلامی در جوزجان حمله کرد و حدود دو صد تن از جنگ‌جویان این گروه را کشتند که تعداد از آن‌ها به دولت افغانستان تسلیم شدند. سازمان ملل متحد می‌گوید که حدود 25 تن از جنگ‌جویان خارجی به طالبان نیز تسلیم شدند.
به گفته سازمان ملل متحد، پایگاه‌های اصلی خلافت خود خوانده دولت اسلامی در افغانستان در ولایت‌های شرقی این کشور از جمله ننگرهار، کنر، نورستان و لغمان است.
ارتش امریكا عملیات ضد تروریستی را علیه دولت اسلامی ‌در این مناطق، به ویژه ننگرهار انجام داده است، اما جنگ‌جویان این گروه در بعضی از ولایت‌های افغانستان اردوگاه‌های آموزشی دارند که در شهرهای مختلف این کشور از جمله کابل برای عملیات تروریستی شان شبکه‌ ساخته است.
در حقیقت، جنگ‌جویان دولت اسلامی در پایتخت افغانستان، که در آن به طور منظم غیر نظامیان و حکومت افغانستان را هدف قرار می‌دهد فعال بوده است. شبکه حقانی که متحد قدیمی‌ القاعده و طالبان است، نیز حملات تروریستی زیادی را در کابل انجام داده است.