فساد اداري يکي از چالش هاي مهم و اساسي در برابر نظام سياسي افغانستان به شمار مي آيد. فساد اداري امروزه با پديده تروريسم و توليد و قاچاق مواد مخدر گره خورده است و از اينرو مبارزه با آن را دشوارتر ساخته است. نظام فاسد نمي تواند کارکردهايش را به درستي انجام دهد و امور اداري را به شکل منظم، مؤثر و سيستماتيک سازمان دهد.فساد اداري چهره نظام سياسي افغانستان را خدشه دار کرده و اعتبار آن را در نزد جامعه بين المللي از بين برده است.
اگرچه فساد اداري از عوامل گوناگوني ناشي مي شود، اما در افغانستان نبود قوانين جامع و کارآ، غلبه فرهنگ قانون گريزي و رفتارها و فرمان هاي فراقانوني، ضعف نهادهاي عدلي و قضايي، حاکميت روابط بر ضوابط و ناديده گرفتن اصل شايسته سالاري در استخدام کارکنان دولتي و فقدان سيستم نظارت و کنترل، از عوامل اساسي تعميق و گسترش فساد اداري به شمار مي آيد.
فساد اداري در افغانستان از پيشينه طولاني برخوردار مي باشد؛ زيرا در اين کشور هيچگاه نظام هاي مشروع و مبتني بر قانون و خواست واراده واقعي مردم حاکم نبوده است. در اين کشور حکومت ها بدون استثناء به شکل قومي و خانداني شکل گرفته و بر همين مبنا سياست ها و برنامه هايش را تدوين و به مرحله اجرا گذاشته اند. همخوني و هم تباري با فرمانروايان خودکامه از يک سو سبب برخورداري از امتيازات فوق العاده در دستگاه دولتي مي گرديد و از سوي ديگر چشم پوشي از جرايم و ضعف ها و معافيت از مجازات را براي اين عده از کارمندان دولتي در پي داشت. فرهنگ قبيله مانع اجراي قوانين در مورد افرادي مي گرديد که از مقام و موقعيت خود به نفع شخصي شان استفاده مي کردند.
نظام جديد که بر اساس اصل ضرورت و اجبار و جلوگيري از ادامه جنگ هاي داخلي روي کار آمد، به دلايل ساختاري و کارکردي و چالش هاي دروني و بيروني  که با آنها مواجه بود، فرصت و توان مبارزه بافساد اداري را نداشت. ولي کمک هاي بي حساب و کتاب جامعه جهاني و نبود استراتژي و سيستم مؤثر براي چگونگي مصرف کمک ها و نظارت و حسابرسي از انجام پروژه ها، به افراد و مؤسسات داخلي و خارجي فرصت داد تا به شکل غير قانوني از کمک هاي خارجي سود ببرند. ميلياردها دالر کمک جامعه جهاني به افغانستان نه تنها به ظرفيت سازي، بازسازي و نوسازي زيربناهاي اقتصادي کمک زيادي نکرد که با ترويج و گسترش دامنه فساد، آن را به يک هنجار و فرهنگ پذيرفته شده اداري تبديل کرد.
مشکل اين است که امروزه فساد به يک رفتار همگاني و روز مره در ادارات تبديل شده است و اين پديده دامن همه کارمندان بالا رتبه و پايين رتبه را آلوده کرده است. از اينرو از يک طرف مبارزه با فساد در افغانستان امر دشوار و ناممکن دانسته مي شود، ولي از طرف ديگر براي بهبود کارايي نظام و بالابردن مؤثريت آن چاره اي جز از بين بردن فساد نداريم؛ تا زماني که فساد موجود باشد، انتظار ايجاد نظام کارآمد و پاسخگو اشتباه خواهد بود.
اين دشواري و ناگزيري، حکومت افغانستان را در شرايط سخت قرار داده است. فشارهاي جامعه جهاني و به ستوه آمدن مردم، حکومت را در تنگناهاي بيشتري قرار داده است. از اينرو حکومت مبارزه با فساد را در اولويت کاري خود قرارداده و مبارزه جدي با اين پديده را تعهد کرده است. بر اين مبنا لوى سارنوال افغانستان، از آغاز کار روى ايجاد مرکز عدلى و قضايى مبارزه با فساد خبر داده است و گفته است که با فساد با قاطعيت و جديت مبارزه مي کند. پيش از اين نيز لوي سارنوالي جهاد با فساد اعلان کرده بود، اما به مرور زمان اين جهاد با شکست انجاميد. رييس جمهور نيز در آغاز تشکيل حکومت وحدت ملي اقدامات جدي را در راستاي مبارزه بافساد روي دست گرفت که با استقبال گرم شهروندان مواجه شد؛ اما در عرصه عمل اين اقدامات، مؤثريت خود را از دست داد. امروزه شعار مبارزه با فساد به تنهايي  تأثيري در افکار عمومي ندارد، مگر اين که درعمل مردم شاهد پيشرفت و برداشتن گامهاي مفيد و مؤثر در اين زمينه باشند.