استعفای حنیف اتمر از مشاوریت امنیت ملی، به معنای یک پایان نیست بلکه به معنای آغاز یک روند دیگر است. رفتن حنیف اتمر دقیقا با آمدن زلمی خلیلزادمصادف شده است. واقعیت اینست که جایگاه اتمر و خلیلزاد به مثابۀ رهبری یک پروسه است. اتمر مسئولیت رهبری بسیاری از برنامه های سیاسی و امنیتی اشرف غنی را برعهده داشت و تاکنون مأموریت اش را انجام داده است. خلیلزاد نیز مأموریت دارد تا یک پروسۀ دیگر را رهبری کند. اتمر از دید مخالفین اشرف غنی تنهاکسی تلقی می شد که مدیریت تضعیف مخالفین حکومت را برعهده داشته و آن را بی رحمانه عملی کرده است. یکی از خواسته‌های اصلی جنبش رستاخیز استعفای حنیف اتمر بود که خواست آنان به صورت جدی نادیده گرفته شد. از نگاه مخالفین حکومت، اشرف غنی بدون اتمر نمی توانست دوام بیاورد و اشرف غنی نیز به هیچ وجه اتمر را کنار نمی گذاشت. اکنون که این دو یار وهمدم از هم فاصله گرفته است، اتمر نوشته است که او به دلیل سیاست‌های نادرست اشرف غنی در مسایل کلان ملی، سیاسی و امنیتی و پیامد های منفی آن ناگزیر شده است که حکومت را رها کند. به نظر می رسد که اتمر به نحوی خودش را از تمام آنچه که در افکار عمومی بد تلقی می شد، تبرئه کرده است. با این نگاه اتمر، گویا تمام اعتراضات دکترعبدالله و جنرال دستم به روش و منش سیاسی اشرف غنی وارد بوده است. اگر دلیل اصلی استعفای حنیف اتمر مخالفت او و اشرف غنی در سیاست های کلان کشور باشد، بنابراین مشخص است که حنیف اتمر تطبیق طرح های ملی اش را از طریق دیگر دنبال خواهد کرد. بدین رویکرد، یکی از کاندیدای توانمند در انتخابات ریاست جمهوری پیش رو حنیف اتمر خواهد بود. پس از همین اکنون مشخص است که کشور‌های منطقه و قدرت‌های بین المللی در سیاست‌های خود همزمان با انتخابات ریاست جمهوری افغانستان تعیین موضع خواهد کرد.
با رفتن حنیف اتمر و قرار گرفتن او در نقطۀ مقابل، اشرف غنی در ادامۀ سیاست های حنیف اتمر نیز تجدید نظر خواهد کرد. به این صورت اشرف غنی نیز، تمام مشکلاتی را که در طی سالیان گذشته میان حکومت با بخشی از مردم و رهبران سیاسی پیش آمده بود، برعهدۀ حنیف اتمر ختم خواهد کرد. اما این‌که آیا واقعا حکومت می تواند، دوباره انسجام اجتماعی و سیاسی را در افغانستان در نبود حنیف اتمر به وجود بیاورد هم اکنون قابل پیش بینی نیست. ولی آنچه که از قبل قابل پیش بینی بود، این بود که با آمدن خلیلزاد حضور حنیف اتمر در حکومت بعید به نظر می رسید. زیرا خلیلزاد در مأموریت خودش در مورد پیشبردن پروسه صلح، گفتگو با طالبان، روند تعامل با جناح ها و شخصیت های تأثیر گذار در افغانستان، ناگزیر است از روش و رویکرد حنیف اتمر فاصله بگیرد. خلیلزاد اکنون در یک فضای کاملا باز حضور پیدا خواهد کرد و طرح نو در خواهد انداخت.
هرچند که برخی گزارش‌ها می‌رساند که رئیس جمهور غنی به خاطر کوتاهی‌های امنیتی اخیر از جانب مقامات امنیتی، برخی از آنان از جمله اتمر را مجبور به استعفا کرده است، ولی این نمی تواند به تنهای علت اصلی برای استعفای حنیف اتمر باشد. قضایای سیاسی افغانستان هیچگاه علت واحد ندارد. به نظر می رسد که آمدن زلمی خلیلزاد و نزدیک شدن انتخابات ریاست جمهوری نیز تأثیری فوق العاده بر کناره گیری حنیف اتمر می تواند داشته باشد.
استعفای حنیف اتمر بعنوان مشاور امنیت ملی بیش از آن که تأثیر امنیتی برجای بگذارد بیشتر دارای تأثیرات سیاسی است. تأثیرات سیاسی استعفای حنیف اتمر نیز برخاسته از حضور قدرتمند او در تصمیم گیری های کلان سیاسی حکومت اشرف غنی می باشد. البته که در اعتراضات جنبش روشنایی و جنبش رستاخیز، سایۀ حنیف اتمر در کنار اشرف غنی به شدت بزرگ جلوه داده شد. بخشی از جایگاه سیاسی و نیز جدی گرفته شدن حنیف اتمر، مرهون تبلیغاتی است که این دو جنبش مهم و برخی از مخالفان سیاسی اشرف غنی ناخواسته برای حنیف اتمر انجام داده اند.