اشرف غنی پس از اجرای سوگند وفاداری دومین فرمان خود را برای آزادی پنج هزار زندانی طالبان از زندان‌های افغانستان صادر کرد. این فرمان در حالی صادر شد که مخالفت‌ها در برابر آن در تمام سطوح، از سطح جامعه تا رهبران سیاسی و سیاستمداران وجود داشت. بحث آزادی زندانیان طالب از زندان‌های افغانستان از زمانی جنجالی شد و مخالفت‌ها در برابر آن افزایش یافت که توافقنامه صلح میان ایالات متحده امریکا و طالبان به امضا رسید. در این توافقنامه ضمن گنجاندن خروج نیروهای خارجی از افغانستان طبق زمان بندی تعیین شده، روی آغاز شدن گفتگوهای بین‌الافغانی توافق شده بود. توافقی که از سوی طالبان با یک پیش‌شرط همراه بود، آزادی پنج هزار زندانی طالبان از زندان‌های افغانستان و در بدل آن، طالبان یک هزار زندانی دولت افغانستان را از بند رها خواهند کرد.
اشرف غنی از اولین کسانی بود که در برابر این پیش‌شرط مطرح شده از سوی طالبان ایستاد. او فردای امضای توافقنامه صلح طالبان با ایالات متحده امریکا، در یک کنفرانس خبری آشکارا علیه این تصمیم ایستاد و گفت که دولت امریکا صلاحیت آزادی زندانیان طالب را ندارد. او هم‌چنان تاکید کرده بود که هیچ تعهدی برای آزادی 5000 زندانی طالب وجود ندارد. او بعد از آن تا اجرای مراسم تحلیف ریاست جمهوری در مجالس و محافل مختلف، مخالفت صریح خود را با این پیش شرط اعلام کرد. در روزهای پس از آن باری بر طالبان نعره زد که اگر زندانیان خود را می‌خواهند، اول از پاکستان بیرون شوند. البته که این مخالفت‌ها تنها در سطوح سیاسی باقی نماند بلکه از سوی نهادهای مدافع حقوق بشر و شهروندان کشور نیز ادامه یافت.
با این وجود این پیش‌شرطی بود که برای گفتگوهای بین‌الافغانی از سوی طالبان گذاشته شده بود، مخالفت‌ها با آن چه از سوی اشرف غنی و چه از سوی شهروندان و نهادهای مدافع حقوق بشر، فقط توانست این روند را اندکی با کندی مواجه کند. طبق زمان‌بندی توافقنامه امضا شده صلح میان امریکا و طالبان، قرار بر این بود که قبل از آغاز شدن گفتگوهای بین‌الافغانی، زندانیان طالبان از بند رها شوند تا طالبان حاضر به گفتگو با هیات دولت افغانستان شوند. گفتگوهای بین‌الافغانی نیز به تاریخ 10 مارچ آغاز می‌شد که نشد. از دیگر تاثیرگذاری این مخالفت‌ها این است که آزادی زندانیان به صورت گروهی و گله‌وار و به یکبارگی انجام نمی‌شود بلکه طبق فرمان اشرف غنی روزانه صد نفر در جریان گفتگوهای بین الافغانی از زندان‌ها رها خواهند شد. حسن سوم تاخیر در زمان بندی گفتگوهای صلح این است که در آغاز فقط 1500 زندانی طالب آزاد می‌شوند و آن هم به مرور زمان. متباقی زندانیان طالبان با پیش‌شرط‌های مثل کاهش خشونت و اجرایی شدن تعهدات صلح طالبان همراه شده است.
آزادی زندانیان طالبان و زمان‌بندی آن طی فرمان اشرف غنی با واکنش‌های نیز همراه بوده است. اولین واکنش را طالبان داشته است. به نقل از رسانه‌ها، سهیل شاهین سخنگوی دفتر سیاسی طالبان در قطر گفته است که گروه طالبان با آزادی مشروط زندانیان توافق نخواهند کرد. طالبان قبل بر این نیز تاکید داشتند که زندانیان آن‌ها به صورت گروهی و همزمان آزاد شوند تا رهبران این گروه در گفتگوهای بین‌الافغانی حاضر شوند. گروه طالبان اکنون نه تنها با آزادی مشروط زندانیان طالب مخالف است بکله آن را مخالف توافقنامه صلح نیز می‌خواند و تاکید می‌کند که اگر پنج هزار زندانی به صورت گروهی آزاد نشود آن‌ها حاضر به گفتگوهای بین‌الافغانی نمی‌شوند. با این وجود مخالفت‌ها و موافقت‌ها تنها به آزادی زندانیان خلاصه نمی‌شود بلکه ادامه خشونت‌ها از سوی طالبان نشان میدهد که این گروه به توافقات خود عمل نمی‌کنند. وزارت خارجه امریکا با نشر خبرنامه‌ای گفته است که ادامه سطح بالای خشونت‌ها روند صلح را تضعیف می‌کند. در این اعلامیه ضمن یادآوری از سطح بالای خشونت‌ها و متهم کردن طالبان به کاهش ندادن خشونت‌ها، به عملی نشدن تقویم پیش‌بینی شده برای گفتگوهای بین‌الافغانی نیز اشاره شده است. در این اعلامیه آمده است که جنجال‌های انتخاباتی باعث شده تا هیات مذاکره کننده افغانی تشکیل نشود.
با این وجود، دم دست‌ترین تحلیل از شروع شدن مذاکرات بین‌الافغانی و تبادله زندانیان این است که امکان این وجود دارد تا گفتگوهای بین‌الافغانی نیز در زمان تعیین شده طی فرمان اشرف غنی، انجام نشود. از تاکیدات پی هم گروه طالبان مبنی بر آزادی پنج هزار زندانی این گروه به صورت گروهی و مخالفت این گروه با فرمان اشرف غنی پیداست که طرف‌های درگیر به این آسانی نمی‌توانند به پای میز مذاکره حاضر شوند. از سوی دیگر خشونت‌ها هم‌چنان ادامه داشته و اعلامیه وزارت خارجه امریکا می‌تواند برای طرف‌های درگیر و از جمله طالبان یک هشدار تلقی شود. آنچه که تاکنون روشن است، این است که گروه طالبان نتوانسته اند خشونت‌ها را به صورت چشمگیر کاهش دهند و خلاف تعهدات این گروه با امریکاست. در همین حال کمیسیون حقوق بشر و نهادهای جامعه مدنی با نشر اعلامیه‌ای مشترک از طرف‌های درگیر می‌خواهند که در جریان مذاکرات بین‌الافغانی از هرگونه درگیری و خشونت بپرهیزند و آتش‌بس کنند. این نهادها ضمن تاکید بر کاهش خشونت‌ها و اعلام شدن آتش‌بس در جریان مذاکرات از طرف‌ها خواسته است که از ادبیات نفرت‌آمیز و رویکردهای مخدوش کننده نیز اجتناب شود.