نخستین چالش پس از امضای توافقنامه میان ایالات متحده و طالبان در مورد رهایی پنج هزار زندانی بروز کرده است. گزارش‌ها حاکی از آن است که رهایی زندانیان از سوی دولت افغانستان با چالش مواجه شده است و این روند فعلا متوقف است. رییس جمهور غنی علی‌رغم عدم باور به رهایی گروهی طالبان از زندان های افغانستان، هفته گذشته فرمان رهایی تدریجی زندانیان را امضا کرد و به این خواست جامعه جهانی تن داد. اما اکنون به نظر می رسد که عملی شدن و تطبیق آن بند از توافقنامه که در مورد رهایی پنج هزار زندانی طالب است، با مشکل جدی مواجه شده است. واقعیت نیز همین است که رهایی پنج هزار زندانی طالب به یک باره هم به لحاظ عملی دشوار است و هم به لحاظ قانع ساختن افکار عمومی.
نخستین چالش فراروی رهایی زندانیان طالب، مسایل حقوقی و بخش‌های تخنیکی قضیه است. همه می‌دانیم طالبانی که در زندان هستند تنها به جرم طالب بودن محکوم نشده‌اند بلکه هر کدام از آن ها جرایم سنگین اقدام علیه امنیت ملی کشور و نیز جرایم ضدبشری را در پرونده خویش دارند. قوه قضاییه افغانستان که بر اساس قوانین و ساختارهای حقوقی کشور مستقل است و هیچ شخص حقیقی و یا حقوقی نمی‌تواند آن را ملزم به حکم  یا لغو حکم کند، برای هر یک از افراد طالبان جداگانه حکم قضایی صادر کرده است. احکام قضایی به خصوص مزانی که دوران قضایی را می‌گذراند و از محکمه سوم نیز می‌گذرد، لازم الاجرا می‌شود و دیگر کسی حق لغو و یا کاهش مجازات‌ها را ندارد. به همین خاطر دولت و یا هیچ‌کسی دیگر نمی‌تواند به یک باره حکم لغو احکام صادر شده را بدهد. اگرچه میکانیزم‌هایی برای رهایی و یا فرمان ریاست جمهوری وجود دارد و احتمالا در رهایی زندانیان از همین میکانیزم‌ها کار گرفته خواهد شد ولی عملی ساختن آن میکانیزم‌ها زمان‌بر است و مدت طولانی را در بر می‌گیرد.
چالش مهم‌تر برای حکومت رضایت و قناعت افکار عمومی است. هیچ خانه‌ای در افغانستان نیست که از سوی طالبان آسیب ندیده باشد و یا یکی از اعضا و یا نزدیکان خود را از دست نداده باشد.
طالبان در نزد افکار عمومی در افغانستان هنوز به مثابه یک گروه تروریستی است که برای مردم افغانستان چیزی جز کشتار و خشونت و تباهی به ارمغان نیاورده است. در نزد افکار عمومی حتی مصالحه و نشستن بر سر یک میز با طالبان هنوز قباحت شدید دارد. چه رسد به این که سخاوتمندانه و به یک باره پنج هزار زندانی طالب آزاد شوند. خیلی از بازماندگان قربانیان جنگ‌های سال‌های اخیر با طالبان از این بند توافق‌نامه ایالات متحده با طالبان به شدت ناراحت هستند و نمی‌توانند با آن کنار بیایند. بنابراین برای حکومت افغانستان که تا چندی قبل رهایی زندانیان طالب را خط سرخ می دانست و یا حداقل نمی‌پذیرفت. رفتن زیر بار این خواسته ایالات متحده بهای سنگینی در قبال دارد. اکنون باید زمان طولانی بگذرد و کار عمیق رسانه ای صورت گیرد تا افکار عمومی را راضی کند.
مسایل امنیتی و بازگشت احتمالی افراد یادشده به جبهه‌های جنگ علیه نیروهای امنیتی افغانستان، چالش دیگری است. رییس جمهور پیشین افغانستان، حامد کرزی، در آخرین روزهای حکومت خود فرمانی را صادر کرد که مشهور به فرمان شماره 62 بود و بر اساس باید تعداد زیادی از طالبان از زندان های افغانستان رها می‌شدند و حتی بازداشتگاه بگرام نیز باید تعطیل می‌گردید. زمانی که در اولین روزهای حکومت وحدت ملی این فرمان روی میز رییس جمهور غنی قرار گرفت و ایشان به کمیته عدلی و قضایی سپرد، مخاطرات آزادی زندانیان طالبان کم کم آشکار گردید. نهادهای امنیتی گزارش دادند که اکثر کسانی که باید آزاد شوند، بدون تردید به جنگ بر خواهند گشت و بخش‌های عظیمی از کشور در تهدید دو باره امنیتی قرار خواهد گرفت.
بسیاری از افرادی که اسامی شان در لیست زندانیان منتظر به رهایی بودند، کسانی بود که جنایت‌های بزرگی انجام داده بودند و باید عدالت در باره آنان اجرا می‌شد. به همین خاطر آن حکم لغو گردید و افراد خطرناک فرصت برای آزادی نیافتند. اکنون همان ملاحظات امنیتی و قانونی هم‌چنان پابرجا است و دولت افغانستان با آن چالش‌ها هم‌چنان مواجه است.