حکومت وحدت ملي از بدو تشکيل مورد انتقادهاي شديد قرار داشت. انتقادها اين بود که موجوديت دو حاکم و دو تصميم گيرنده، سبب نابساماني، کندي روند تصميم گيري و باعث بي نظمي مي شود. تحليل بر اين بود که وجود دو سر، در حکومت وحدت ملي به معناي دو تصميم گيرنده است و اين امر، روند امور را با چالش هاي جدي مواجه مي کند. اما در آن زمان، راه حل و چارة جز پذيرش حکومت دو سر نبود. وضعيت سياسي به حدي پيچيده و بغرنج شده بود که هر آن، احتمال فروپاشي سياسي مي رفت. متاسفانه برخي از جريان هاي سياسي، حاضر بودند، با ناديده گرفتن بايدها و نبايدهاي قانوني و حکم فرايند رقابت آزاد سياسي، همه چيز را دَور بزنند. بنابراين، يکي از پي‌آمدهايِ تقسيم مساوي قدرت و اين که بدون مهر تاييد يکي هيچ مقام ارشد حکومتي، معرفي و به کار گماشته نشود، بي سرنوشتي برخي از وزارت خانه ها و سازمان هاي مهم از جمله وزارت دفاع ملي، دادستاني کل، رياست امنيت ملي و برخي از ولايت هاي کشور و رقابت شديد برسر معرفي معينان و برخي پست هاي مهم ديگر است.
اول) در حال که کشور از سوي گروه هاي تروريستي متعدد مورد تهديد نظامي است، آن ها حمله هاي بزرگ و کوچک را جهت ضربه زدن به ارتش و دولت سازمان دهي و اجرا مي کنند و در اين مقطع و برهة حساس و مهم، بايد وزارت دفاع ملي به مثابه مهمترين سازمان نظامي به همة تهديدها و توطئه هاي آنان پاسخ لازم و دندان شکن بدهد، از بحران بي‌وزيري رنج مي بُرد. وزير به لحاظ مديريتي، در کليت دستگاه دولت و حکومت از جملة مديران سطح مياني و در سازمان به نام وزارت از جملة مديران سطح عالي است که در راس هرم رهبري و تصميم گيري قرار دارد. در اين صورت، ضمن اين که نيروهاي فني، متعهد به کشور و کارفهم در وزارت خانه ها و جود دارد، اما بدون شخص وزير و در موجوديت سرپرست، از قدرت تصميم گيري لازم و چندان برخوردار نيستند. از يک سو، قواعد، مقررات و لوايح اداري، اجازة تصميم گرفتن نمي دهد، و از سويي، انگيزة فعاليت و تلاش آن چناني براي سرپرست، و روحية اطاعت و پيروي در کارمندان وجود نخواهد داشت. بنابراين، وزير به عنوان مدير عاليِ سازمان به نام وزارت خانه به فرايند هدف‌گذاري، برنامه‌ريزي، رهبري و نظارت و کنترل قوت بخشيده و در نبودش اين فرايند با چالش هاي جدي مواجه خواهد بود.
با اين وجود، دو سال به تمام بود که وزارت دفاع ملي بدون وزير بوده و توسط سرپرست ها اداره مي شد. در وضعيت که طالبان حمله هاي نظامي بزرگ را سازمان‌دهي کرده و تهديدهاي بزرگ را در سطح سقوط برخي از ولايت ها مي آفريدند و مي آفرينند، شاهراه‌ها نا امن شده و حتي عابران ملکي و ساده هم در امان نيستند و حوزة تحت تسلط طالبان يا به عبارت ديگر، حوزة نا امني هر روز دامن مي گستراند، وزارت دفاع ملي توسط سرپرست ها اداره مي شد. سرپرست هاي که به هريک نويد وزارت داده شده بود، اما، راي نياوردند و حتي قبل از معرفي به پارلمان منصرف شدند. اين که چرا نامزدهاي کرسي وزارت دفاع ملي راي نياوردند، ممکن دلايل متفاوت داشته باشد، اما، يکي از دلايل، تقسيم قدرت بين دو دستة سياسي است. در برخي موارد، رهبران دو دسته تفاوت نظر داشته و باعث دست رد زدن به سينة نامزدان مي گرديد و در برخي موارد ممکن رهبران دو دسته به توافق مي رسيدند، اما، در لايه هاي پايين که بدون ترديد نمايندگان مجلس هم نقش داشتند و دارند، تفاوت نظر داشتند. اکنون، که آقاي عبدالله حبيبي موفق به گرفتن راي اعتماد مجلس شده، جاي بسي خوش حالي است، اما، اين امر در حافظة تاريخ سياسي کشور ثبت خواهد شد که در افغانستان در حال جنگ، وزارت دفاع ملي دو سال بدون وزير بوده است.
دوم) پس از کنار رفتن رحمت الله نبيل رييس امنيت ملي، حکومت مي توانست به زودي نامزد اين رياست را معرفي کرده و با تاييد از مجلس، روند کاري سازمان اطلاعاتي نام برده را نظم بيشتر ببخشد. اما، ظاهرا پافشاري رييس جمهور غني روي آقاي معصوم استانکزي کار را به اين پيمانه دنباله دار و طولاني کرد. گرچه که استانکزي بيشتر چهرة سياسي است تا نظامي و در عرصة سياسي از شهرت برخوردار شده است، اما، اکنون که توسط مجلس تاييد شده و رسما رييس امنيت ملي شده است، اميدواري وجود دارد که موفقيت هاي را نصيب اين سازمان نمايد.
حال که در جمع وزيران و رياست هاي مستقل که بايد از نظر نمايندگان مجلس بگذرد، مسوولان هيچ نهادي به عنوان سرپرست باقي نمانده و ديگر صداي مجلس نيز بلند نخواهد شد، پرسش اين است که آيا مسئله‌اي سرپرستي پايان پذير است؟. تکليف واليان سرپرست، شهردارهاي سرپرست و ..... چه خواهد شد؟
به نظر مي رسد که مسئلة پردردسر به نام سرپرستي تا پنج سال آينده گريبان‌گير حکومت خواهد بود. برخي از ولايت ها از جمله ولايت بلخ تا هنوز توسط سرپرست رهبري و مديريت مي شود. مسوولان برخي از شهرداري ها از جمله شهرداري کابل سرپرست است و  برخي  از مسوولان رياست هاي مهم در حکومت مرکزي و محلي سرپرست هستند. بنابراين، معلوم نيست که مسئلة سرپرستي تا پايان دورة کاري حکومت به پايان مي رسد يانه؟
متاسفانه بحران سرپرستي از وزارت خانه ها و ولايت ها عبور کرده و حتي در داخل وزارت خانه ها به سطح مديران مياني هم رسيده است. طوري که ديده مي شود، در برخي از وزارت خانه ها شخص وزير رييسان و ماموران بست سوم خدمات ملکي را از کار برکنار و در عوض افراد خود را به عنوان سرپرست مي گمارند. در برخي موارد، به منظور کنار زدن يک مامور خدمات ملکي و جايگزين کردن فرد مورد نظر خويش، اقدام به تغيير لايحه وظايف/ شرح شغل و شرايط احراز شغلي کرده است. گرچه که نظام اداري کشور بر اساس نظام بروکراسي ماکس وبر دانشمند جامعه شناس آلماني تبار طراحي شده و در اين نظام، بر رقابت آزاد و تفکيک حوزة سياست و اداره تاکيد جدي مي گردد، اما، در وضعيت کنوني کشور، همان سيستم تاراج که در اوايل جامعة نوپاي آمريکا رواج داشت، عملي مي گردد.
به هرحال، پي‌آمد تقسيم قدرت و حکومت ميان دو دستة سياسي به اصطلاح تحول خواه و اصلاح طلب، علي رغم پي‌آمدهاي ديگر، آسيب ديدن اداره کشور است. اين امر از سطوح عالي سازمان هاي دولتي مانند وزيران و والي ها تا رياست ها و آمريت هاي وزارت خانه ها را در بر مي گيرد. وزير سرپرست، والي سرپرست، رييس سرپرست و....