اختلافا درون حکومتي، در اين اواخر به يک چالش جدي در برابر حکومت وحدت ملي تبديل شده است، هر از گاهي مقامات بلند پايه ي حکومت وحدت ملي از رئيس جمهور غني به تندي انتقاد مي کنند و او را متهم به قوم گرايي و عدم پايبندي به توافق نامه تشکيل حکومت وحدت ملي مي کنند.
در تازه ترين مورد جنرال عبدالرشيد دوستم معاون اول رياست جمهوري، رئيس جمهور و رئيس اجرائيه را متهم به قوم گرايي کرده است و گفته است که براي آنها کسي که از قوم شان باشد ولو اينکه فاسد و بيکاره باشد و از جايگاه مردم برخوردار نباشد، عزيز است. جنرال دوستم دو هفته پيش براي رهبري عمليات نظامي نيروهاي امنيتي کشور عليه گروه طالبان به ولايت فارياب رفته بود و بعد از برگشت از ولسوالي غورماچ ولايت فارياب به ولايت جوزجان، در يک نشست خبري در شهر شبرغان، اينگونه رهبران حکومت وحدت ملي را مورد انتقاد قرار داده است. گفته مي شود معاون اول رئيس جمهور پس از همکاري نکردن فرماندهان محلي و مسئولان امنيتي شمال و نيز نرسيدن تجهيزات و امکانات نظامي براي او، جبهه جنگ را ترک کرده است و به جوزجان برگشته است.
جنرال دوستم پيش از اين نيز از رئيس جمهور غني انتقاد کرده بود که به معاونانش صلاحيت لازم را نمي دهد. او گفته بود که امضايش در ادارات دولتي نمي چلد. انتقادات جنرال دوستم در شمال کشور در حالي مطرح مي شود که احمد ضيا مسعود نماينده فوق العاده رئيس جمهور در امور حکومت داري خوب، در ولايت پنجشير حکومت را به قوم گرايي متهم کرده است و گفته است که به او صلاحيت هاي لازم داده نشده است.
اختلافات درون حکومتي با انتقادات تند داکتر عبدالله عبدالله رئيس اجرائيه از رئيس جمهور غني رسانه يي شد. آقاي عبدالله رئيس جمهور را متهم به عدم پايبندي به موافقتنامه تشکيل حکومت وحدت ملي کرد و او را بي حوصله خطاب کرد. بعد از اين انتقادات رئيس جمهور و رئيس اجرائيه چندين بار باهم ديدار کردند و توانستند ميزان اختلافات شان را کاهش دهند. اما گفته مي شود بعضي اختلافات ميان رئيس جمهور و رئيس اجرائيه  هنوز هم موجود است. در توافق نامه تشکيل حکومت وحدت ملي گفته شده است که هر دو رهبر بصورت پنجاه پنجاه در حکومت سهيم هستند، اما رئيس اجرائيه ادعا داشت که سهم او کمتر از چيزي است که در موافقتنامه گفته شده است.
اختلافات درون حکومتي در واقع يکي از چالش هاي جدي حکومت وحدت ملي در دو سال گذشته بوده است، اکثر اين اختلافات ريشه در تعيين وزرا و مسئولين پست هاي مهم دولتي در وزارت خانه ها، ولايت ها و سفارت خانه ها دارد. هر دو رهبر حکومت وحدت ملي تا يک سال نتوانستند بر سر انتخاب وزير دفاع به توافق برسند و بر سر انتخابات مسئولين بسياري از پست هاي ديگر دولتي نيز اختلاف جدي داشتند. با انتقاداتي که  در روزهاي گذشته از سوي معاون اول رئيس جمهور مطرح شده است، ديده مي شود که هنوز رهبران حکومت وحدت ملي نتوانسته اند به يک ديدگاه واحد در مورد اداره حکومت دست يابند و اکنون اختلافات درون حکومتي بصورت جدي تر و آشکارتر دوام مي يابد. تدام اين اختلافات نگراني ها را از پيامدهاي منفي آن افزايش داده است.
آنچه که اکنون اختلافات را جدي تر مي سازد، قومي سازي اختلافات سياسي رهبران حکومت وحدت ملي است. هم معاون اول رئيس جمهور و هم نماينده ارشد رئيس جمهور در امور حکومت داري خوب، حکومت را به قوم گرايي متهم کرده است. اين کار اختلافات سياسي را به درون اجتماع مي کشاند و باعث بوجود آمدن تنش هاي اجتماعي خواهد شد. بخصوص که اين انتقادات در جاهاي مطرح شده است که پايگاه هاي مردمي منتقدين پنداشته مي شود. آنها به عنوان نماينده ي اقوام خود در درون نظام پنداشته مي شدند، اما اکنون آنها  حکومت را قوم گرا ميخوانند و مشارکت سياسي را در درون نظام زير سئوال مي برند.
مردم افغانستان چندين دهه تنش هاي قومي و جنگ هاي داخلي را تجربه کرده است، جنگ هاي که در آن همه ي مردم افغانستان آسيب هاي فراواني متحمل شده اند و به اقتصاد و زيربناهاي اقتصادي کشور ضربه ي جدي وارد شد. در سالهاي اخير مردم افغانستان اندک اندک فضاي باهم بودن را تجربه کردند و تنش هاي قومي به گونه ي قابل ملاحظه فروکش کرده بود، اما اکنون اختلافات سياسي و درون حکومتي مقامات بلند پايه ي حکومت وحدت ملي نگراني هاي را از دامن زدن به تنش هاي قومي افزايش داده است. بخصوص که ريشه ي اين اختلافات رفتار و عملکرد قومي رهبران حکومت گفته مي شود.
از سوي ديگر اختلافات درون حکومتي باعث بي اعتمادي بيشتر مردم به حکومت وحدت ملي خواهد شد. اکنون نيز اکثر شهروندان کشور از حکومت وحدت ملي دل خوشي ندارند و ناراضي اند. اين اختلافات مي تواند ميزان اين نا رضايتي ها را افزايش دهد. در دو سال گذشته رهبران حکومت وحدت ملي به بسياري از وعده هاي که به مردم داده بودند عمل نتوانسته اند و بر اثر اين کار ميان مردم و حکومت يک فاصله ي جدي ايجاد گرديده است و بسياري از شهروندان نسبت به عملکرد درست رهبران حکومت وحدت ملي، بدبين شده است.
با توجه به تشديد اختلافات درون حکومتي و ضعيت دشوار امنيتي و تشد حملات گروه طالبان، به نظر مي رسد که رهبران حکومت بايد سياست هاي شان يکبار بصورت جدي بازبيني بکنند. همه ي رهبران و اعضاي بلند پايه ي حکومت بايد در يک گفتگوي باز و آزاد شرکت بکنند و ريشه هاي اختلافات درون حکومتي را بررسي کنند و براي از بين بردن اين اختلافات راه حل جستجو بکنند. مشارکت سياسي اقوام مختلف افغانستان در درون نظام نيز بايد بصورت جدي، واضح و شفاف بررسي شود و تلاش صورت گيرد تا مشارکت عادلانه تمام اقوام افغانستان در قدرت سياسي، تامين گردد.
رهبران حکومت وحدت ملي بايد وضعيت دشوار کشور را درک بکنند و به همين خاطر بايد تلاش ورزند تا به يک اتحاد سياسي دست يابند و براي اداره بهتر امور حکومت در سراسر کشور، به يک نگاه واحد و جامع دست يابند. بدون دست يابي به چنين ديدگاهي و تلاش براي به کرسي نشاندن تصميم هاي شخصي و فردي و محدود سازي ساحه ي تصميم گيري، حکومت وحدت ملي هيچگاه قادر نخواهد شد که از چالش هاي فرا رويش عبور کند.
رهبران حکومت وحدت ملي بايد متوجه شده باشند که اختلافات درون حکومتي، هر روز ثبات سياسي کشور را بيشتر تهديد مي کند و در معرض آسيب پذيري قرار مي دهد، بنا بر اين، آنها نبايد بگذارند که اين اختلاف افزايش يابد و جدي تر شود و دامنه اش به درون اجتماع و مردم افغانستان کشانيده شود و باعث بوجود آمدن تنش هاي اجتماعي بين اقوام مختلف افغانستان گردد و يکبار ديگر ما را به روزهاي تلخ و سياه گذشته برگرداند.
اما سئوال اساسي اين جا است که چرا رهبران حکومت وحدت ملي اختلافات دروني شان را حل نمي کنند؟ آيا آنها به عنوان رهبران يک حکومت، نمي دانند که اختلافات دروني شيرازه  حکومت را از هم خواهد پاشيد و پيامدهاي ناگواري براي حکومت و مردم افغانستان خواهند داشت؟ آيا آنها نمي دانند که با توجه به شرايط بد امنيتي، اختلاف دروني مي تواند روحيه و مورال نيروهاي امنيتي کشور را تضعيف بسازد و در نتيجه بازهم مراکز دولتي و تجهيزات به دست گروه طالبان و شورشيان مخالف دولت بيفتد؟ با توجه به همه اين چالش ها و پيامدهاي ناگوار، چرا هنوز اختلافات سياسي موجود است؟ چرا رهبران حکومت وحدت ملي تلاش جدي براي حل اين اختلافات نمي کنند؟