برای مدیریت تعاریف زیادی ارائه شده است. برخی آن را با رهبری که از ویژگی های برجسته آن هماهنگی میان منابع انسانی و غیر انسانی است مرادف می دانند. اگر بخواهیم در درون یک سازمان شاهد تحولات مثبتی باشیم، ملزم به طرح سه مساله هستیم. اول تبیین وضعیت موجود، دوم ترسیم وضعیت مطلوب و سوم تهیه نقشه راه و یا به تعبیری تدوین برنامه ای که بتوان با استفاده از امکانات در دسترس با کمترین هزینه و سریع ترین مدت زمان ممکن از وضعیت الف به وضعیت ب منتقل شد. هنر یک مدیر تسریع فرایند مذکور و تضمین کیفیت بهینه آن است. کارایی و کارآمدی در کنار هم بهره وری را نصیب یک سازمان می سازد و وجود یک اداره سالم در کنار مدیران متعهد، خلاق و نوآور پیش شرط تحول سیستمی است که سازمان ها ستون های اصلی آن را تشکیل می دهند. اگر یک جامعه مدرن را به مثابه یک سیستم فرض کنیم، وزارت تحصیلات از سازمان هایی است که تولد بهره وری در آن آثار خارجی فراگیری را نصیب سایر بخش های یک سیستم  می کند. سلامت این سازمان در بلندمدت، ضامن سلامت و شکوفایی قانون، امنیت، صحت، اقتصاد و فرهنگ است و این مهم توجه جدی مسئولان را به تجدید نظر در اداره سازمان مذکور می طلبد.
یکی از مسائل اساسی در افغانستان اداره و رهبری تحصیلات عالی است. افغانستان در هر سه شاخص مربوط به ظرفیت حکومتداری رتبه پایینی دارد: تفویض اختیار، اعتبار نهادی و شفافیت. یک مقام ارشد وزارت تحصیلات عالی بیان داشت "یکی از موانع عمده این است که در وزارت تحصیلات عالی ما فاقد ظرفیت تخصصی هستیم؛ اداره و رهبری یکی از چالش های اصلی است". نهادها باید از طریق غلبه بر قوم گرایی و فساد، مهارت های تخصصی شان را بالا ببرند، تا به آزادی عمل های بیشتری دست یابند.
قوم گرایی یکی از عمده مشکلاتی است که بر اداره و رهبری آثار منفی برجای گذاشته است. یک مقام ارشد وزارت تحصیلات عالی گفت "متقاضیان بر اساس شایستگی هایشان استخدام نمی شوند؛ در عوض جذب ها بیشتر بر مبنای سفارش است. به عنوان نمونه می بینید یک استاد پس از چند روز تدریس به عنوان رئیس اداره مقرر می شود. چگونه ممکن است یک استاد پس از چند روز تدریس به مقام ریاست برسد؟". مساله مذکور با تجربیات کاری من در کشور نیز همخوانی دارد؛ جایی که افراد فاقد صلاحیت در پست های اجرایی منصوب شده بودند.
فساد یک مشکل جدی است و افغانستان همواره به عنوان یکی از فاسدترین ملت های دنیا معرفی می شود. فساد در تحصیلات عالی خود را به گونه های مختلف نشان می دهد. یک مقام ارشد وزارت تحصیلات عالی بیان داشت: به عنوان مثال افراد تمایل شدیدی به "دریافت معاش مفت" دارند. مساله مزد بدون کار بر تجربیات من در افغانستان مهر تایید می زند. من در موسسه ای کار می کردم که معلمین زیادی معاش تدریس دریافت می کردند ولی عملا مصروف کارهای دیگری بودند؛ در نتیجه هرگز در صنف درس حاضر نمی شدند. انواع دیگر فساد شامل گمشدن منابع تدارکاتی، دزدی و زورگیری از شاگردان و مواردی از این قبیل می گردد. قوم گرایی و فساد چالش های جدیی را برای دونرهای غربی به بار آورده است. اناتول لیوین بیان داشت "افغانستان با اداره ضعیف و شدیدا چندپارچه فعلی اش یا رویکرد فعلی غربی ها به کمک، که متکی به فعالیت از مجرای دولت است، نمی تواند توسعه یابد. اگر کشور نمی خواهد به شرایط گذشته که بستری برای ظهور طالبان و حوادث تروریستی 11 سپتامبر فراهم آورد، برگردد باید توسعه واقعی را تجربه کند".
مساله دیگری که مرتبط با اداره و رهبری است مساله استقلال و آزادی عمل است. متاثر از دوره قدرت کمونیستی، موسسات تحصیلات عالی افغانستان همچنان به شکل متمرکزی توسط سازمان های دولتی اداره می شوند و تقریبا از هیچ نوع آزادی عمل برخوردار نیستند. این مساله شامل استقلال علمی، استقلال مالی و موارد دیگر می گردد. افغانستان مانند سایر کشورهای در حال توسعه تلاش می کند استقلال بیشتری را در تحصیلات عالی حاکم کند. یکی از ویژگی های عمده ی در حال ظهور در افغانستان، شکل گیری استقلال علمی و مالی در تحصیلات عالی آن است. مساله ای که از سوی مصاحبه شوندگان به عنوان یکی از اثرگذارترین فاکتورها بر آینده افغانستان مطرح شد. در حال حاضر، موسسات تحصیلات عالی به لحاظ برنامه درسی، پرسنل علمی و بودجه تحت کنترل یک اداره مرکزی قرار دارند.
استراتژی توسعه ملی افغانستان گزارش می دهد "به منظور تفویض اختیارات بیشتر به دانشگاه ها برنامه هایی تنظیم گردیده است" (افغانستان، 2008، ص. 118). افزون بر این، برنامه مزبور از مدیران اجرایی می خواهد تا " به جستجوی آن دسته از مدل های تامین مالی بپردازند که استقلال بیشتری را به ارمغان می آورد" (افغانستان، 2008، ص. 225). بانک جهانی در حال مطالعه نمونه های منطقه ای است که موفق شده اند گزینه های متعدد تامین مالی برای نظام تحصیلات عالی خود پیشنهاد کنند. چالش اصلی، ایجاد توازن بین عبور از سرمایه گذاری متمرکز تحصیلات عالی طراحی شده توسط شوروی سابق و تاسیس مجاری درآمدی بدیل نظیر سیستم شهریه است. تاکید بر تمرکززدایی همراه است با کوشش های بازسازی همه جانبه، اعمار زیرساخت های حیاتی و تغییر ماهیت موسسات عمومی مبتنی بر مدل برنامه ریزی متمرکز شوروی به مدل توسعه به رهبری بازار.
بانک جهانی در صدد ارتقای دو نوع استقلال در دانشگاه های افغانستان می باشد: استقلال  بنیادی و ماهوی و استقلال آیین نامه ای.  منظور از استقلال ماهوی یا بنیادی مسائلی چون طراحی سرفصل های درسی، برنامه های پژوهشی، تعریف ضوابط امتحان ورودی، نحوه عزل و نصب های پرسنل علمی و شرایط اعطای مدارج علمی است. استقلال آیین نامه ای که مرتبط به اداره دانشگاه است، مواردی چون بودجه ریزی، مدیریت مالی، خرید و تدارکات، تعیینات پرسنل غیر آکادمیک و تعهدات قراردادی را در بر می گیرد. ورای استقلال ماهوی و آئین نامه ای، موسسات تحصیلات عالی باید امور مربوط به استقلال مالی را در محور توجه خود قرار دهند. در پیوند با استقلال مالی باید خاطر نشان ساخت که موسسات تحصیلی برای ادامه حیات خود از جذب منابع مالی عاجزاند. بر علاوه، در قسمت تهیه و تدارک سرمایه لازم برای تاسیس و توسعه ساختمان های مناسب، تدوین برنامه آموزشی، راه اندازی آزمایشگاه ها و سایر موارد با موانع جدی روبرو هستند. طبق اظهارات یک مقام بانک جهانی "در هیچ جای دنیا تحصیلات عالی برای ادامه فعالیت های خود مثل افغانستان بر بودجه مصوب دولت مرکزی متکی نیست". و از سوی دیگر چون دانشگاه ها وابسته به اداره مرکزی اند، قادر نیستند منابع مورد نیاز خود را به قدر کفایت تامین کنند.
مهار قوم گرایی و فساد در کنار تلاش برای ایجاد تحولات بنیادین و آیین نامه ای و تحصیل استقلال مالی چالش های متعددی را برای افغانستان به همراه خواهد داشت. افغانستان در حرکت به سمت موسسات نیمه-مستقل محدود پیشرفت هایی داشته است ولی هنوز مسیر طولانی را برای پیمودن در پیش رو دارد. برای ایجاد موسسات دولتی دارای خودمختاری بیشتر به مدت زمان بیشتری نیاز است.