در کنار دانشگاه های دولتی، سکتور تحصیلات عالی خصوصی در افغانستان در حال رشد است. وجود تقاضای بالا برای تحصیلات عالی، دلیل اصلی گسترش مؤسسات خصوصی است. نوعی فشار برای بسط تحصیلات عالی از طریق مؤسسات دولتی و خصوصی احساس می شود. همزمان با افزایش نام نویسی ها و تلاش دانشگاه های دولتی به منظور برآورده سازی نیازها، تحصیلات خصوصی نیز رو به گسترش است.
مؤسسات تحصیلات عالی خصوصی در افغانستان پدیده نوظهور هستند. در حال حاضر نزدیک به 70 مؤسسه خصوصی در کشور وجود دارد و حدود 52000 محصل در این مؤسسات آموزش می بینند. سهم تحصیلات عالی خصوصی در حال حاضر به 34 درصد رسیده است. این مساله از این جا ناشی می شود که تقاضا برای تحصیلات خصوصی در حال حاضر از عرضه آن پیشی گرفته است. کشور اکنون به دنبال آن است که مؤسسات خصوصی را چگونه سازمان دهی کند. این رویکرد شامل بررسی نمونه های منطقه ای نظیر کیفیت عملکرد سایر دولت ها در اداره و کنترل مؤسسات خصوصی می شود. مؤسسات خصوصی کشور تحت موشکافی و مراقبه دقیق درآمده اند. محصلین خصوصی اکثرا از حقوق و مزایایی مشابه با محصلین مؤسسات دولتی برخوردار نیستند. به عنوان مثال آن ها چندان اجازه تغییر مکان تحصیل خود را ندارند. رئیس جمهور کرزی از مؤسسات تحصیلات خصوصی به عنوان شکارچیانی یاد کرد که در تعقیب محصلین درمانده اند تا بتوانند به آسانی مدارک بی ارزش خود را به فروش برسانند. او بیان داشت که مؤسسات خصوصی در حال تخریب کیفیت آکادمیک اند. در حال حاضر، مؤسسات خصوصی نیازمند استانداردها و قوانین اجرایی و عملیاتی اند.
بر علاوه تحصیلات عالی خصوصی، دولت سعی می کند تا تاسیس و گسترش آموزش های فنی، حرفه ای و پسا-متوسطه دوساله را افزایش دهد. به جای وزارت تحصیلات عالی، وزارت معارف به نظارت آموزش های فنی و حرفه ای پسا- متوسطه می پردازد. برای آموزش های فنی و حرفه ای از مخفف TVET استفاده می شود. بانک جهانی، یونسکو و سایر سازمان های تمویلگر در حال ارتقای مدارس TVET در کشور هستند. در 2001، حدود 1500 شاگرد ذکور در 38 مرکز نیمه فعال TVET شرکت می کردند. اکنون، 20524 شاگرد (15 درصد اناث) در 61 مدرسه و موسسه TVET شرکت می کنند. در 2009، حکومت گزارش داد که 61  آموزشگاه فنی در 30 ولایت به فعالیت مشغول اند. مواد و برنامه درسی جدید معرفی شده است. به هرحال، TVET فقط قادر به جذب 2 درصد فارغ التحصیلان صنف نهم مکاتب عمومی هست. مقدار نام نویسی قشر اناث پایین است، در سطح ولسوالی ها مراکز TVET وجود ندارد و نبود ساختمان و کارگاه برای ارائه آموزش های فوق از مشکلات همیشگی است. به خاطر اهمیت آموزش فنی و حرفه ای برای کشور، دپارتمنت تحصیلات فنی و حرفه ای در تشکیلات جدید به رتبه معاونت وزارت ارتقا یافته است.
افغانستان موفق به ایجاد شبکه ای از آموزشگاه های فنی- حرفه ای محلی با آموزش های دوساله در سراسر کشور شده است. دیگر مؤسسات تخصصی دوساله نیز در کشور به فعالیت آغاز کرده اند. به عنوان مثال مراکزی هستند که اختصاص به تربیت نوازنده دارند. موسیقی، سنت فرهنگی دیرینه افغان ها در دوران طالبان ممنوع بود. در 2008 یک مدرسه آموزش های حرفه ای برای شاگردانی که دچار اختلال شنوایی بودند در شهر هرات تاسیس گردید که در نوع خود در بین برنامه آموزش های فنی و حرفه ای منحصر به فرد است. تنها مدرسه ای که برای شاگردان دارای اختلالات بینایی فعالیت می کند در شهر کابل قرار دارد. افزون بر این، به منظور توسعه مؤسسات تخصصی برای بخش زراعت، برنامه هایی تنظیم گردیده است. قسمت عمده ی اقتصاد افغانستان را زراعت تشکیل می دهد. افغانستان در تلاش است سیاستی را به منظور ارتقای فرهنگ علمی از مجرای برنامه های رسمی و غیر رسمی به دست اجرا بسپرد که به توسعه ملی کمک شایانی خواهد نمود. امید می رود تحقیق و توسعه مربوط به زراعت، صحت، صنعت و محیط زیست توسعه اقتصادی افغانستان را تسریع کند. برنامه های رسمی و غیر رسمی مزبور در کنار مؤسسات تخصصی به بهبود و چشم انداز تحصیلات عالی در افغانستان کمک خواهند کرد.
تبیین حقایق روزمره دانشگاه های افغانستان چندان کار آسانی نیست. قطعی برق غالبا به طور روزانه و برای مدت های طولانی محسوس است. بر اساس تجارب شخصی من، قطعی برق اکثرا اثرات منفی ای را برای صنوف درسی و دسترسی به اینترنت به دنبال دارد و برنامه ریزی برای رویدادهای مختلف را ناممکن می سازد. صدای نامطبوع جنراتورها اداره صنف ها را سخت می کند. برعلاوه، اکثر دانشگاه ها فاقد دستگاه های تهویه و امکانات گرمایشی هستند. به عنوان نمونه، شهر کابل در تابستان ها بسیار گرم و در زمستان ها بی نهایت سرد می شود. دانشگاه ها اکثرا از نبود سرویس های بهداشتی، مراکز صحی و آب آشامیدنی سالم رنج می برند. برای آن که آموزش بهبود واقعی را تجربه کند، نیازهای اساسی به شکل روزانه به طرز مناسبی باید تامین گردد. یکی از مسائلی که به تازگی همراه با گزینه های متعدد در تحصیلات عالی افغانستان پدید آمده است مساله انتقال واحدهای درسی است. مقامات در افغانستان به دنبال توسعه استانداردها و پروسه هایی اند که انتقال واحدهای درسی بین مؤسسات را تسهیل کند. چنین امری در کشورهای در حال توسعه چندان غیر متعارف نیست. در کینیا، به عنوان مثال، تعیین و انتقال واحدهای درسی چارچوب معینی نیازمند است. همزمان با تلاش های افغانستان برای گنجاندن تحصیلات خصوصی در چشم انداز آینده اش، هنوز در این بخش مشکلات زیادی وجود دارد که به غور و تامل جدی محتاج است.
سه تن از مصاحبه شوندگان مشکل امتحان کانکور عمومی را یادآور شدند. افغانستان به منظور اداره امتحانات ورودی دانشگاه، سه مرکز را در اطراف کشور ایجاد کرده است. به هر حال، پروسه امتحان گیری پیچیده و چالش زا است. در اوائل، برگه های امتحانی توسط اساتید محلی تصحیح می شدند. این مساله فساد گسترده ای را رقم می زد، زیرا عده ای در قبال دریافت پول یا پارتی بازی دست به تغییر نمرات فرد رشوه دهنده یا اقوام و بستگانشان می زدند. اساس سیستم متمرکزتری گذاشته شد. با این وجود، هنوز هم مشکلات جدیی در رابطه با امتحانات جمعی وجود دارد. برای اکثر شاگردان، این امتحان تعیین کننده اصلی در تصمیم فرد به ادامه یا انصراف از تحصیلات عالی و یا انتخاب مکان دانشگاه مورد نظر وی است. غالبا، دانش آموزان در افغانستان از آمادگی های لازم برای شرکت در امتحانات کانکور عمومی برخوردار نیستند. افزون براین، یک کارمند بانک جهانی گزارش داد که هر اندازه تعداد متقاضیان بیشتر می شود، این امر بر پیچیدگی و دشواری پروسه امتحان می افزاید.