بزرگترین چالشی ممکن دربرابر رسانه ها جنگ ونا امنی می باشد . جنگ به عنوان فرایند ناخواسته وتحمیلی نه تنها زندگی عادی شهروندان را به مخاطره می اندازند، بل سستیم ونظام اطلاع رسانی را نیز باخطر مواجه می سازد . در شرایط جنگی رسانه های مختلف با توجه به حوزه های کاری وتخصصی اش ، گزارش ها و اخبار گوناگون سیاسی، اجتماعی، اقتصادی، فرهنگی، هنری و....را به صورت عادی ومنظم  پوشش داده نمی توانند. فعالیت های شان مختل و سستیم اطلاع رسانی نیز دچاربحران وقفه و ناکامی خواهد گردید.
آسیب شناسی رسانه ها درشرایط جنگی
الف - درشرایط جنگی رسانه ها نمی توانند به اهداف تعیین شده درقانون رسانه ها دست یابند:
اهداف تعیین شده در ماده دوم قانون رسانه ها در چند بند به شرح زیر خلاصه شده است که همه آن ها در شرایط جنگی غیرعملی می باشد. (1)
اولین هدف ، درقانون رسانه ها "گسترش و حمايت از حق آزادی فکر و بيان ، دفاع از حقوق روزنامه نگاران وتأمين شرايط فعاليت آزاد آنها " می باشد. دراین بند ازماده دوم به گسترش و حمايت از حق آزادی فکر و بيان اشاره گردیده است که درزمان جنگ نه تنها گسترش و حمايت از حق آزادی فکر و بيان تحقق نمی یابد؛ بلکه فعالیت ها وآزادی های فکرو بیان محدود می گردد. 
دومین هدف، " ترويج و توسعه رسانه های همگانی، آزاد، مستقل و کثرت گرا". این هدف رسانه ها نیز درشرایط جنگی ناممکن است . زیرا در محیط و شرایط جنگی نه تنها ترويج و توسعه رسانه های همگانی ممکن نیست؛ بلکه فعالیت های آن ها محدود می گردد.ازجانب دیگر در این شرایط رسانه ها نه تنها آزاد، مستقل وکثرت گرا نمی تواند باشد؛ بلکه در شرایط جنگی رسانه ها برای حفظ حیات وبقای خود ناگزیر به وابستگی وفردگرایی خواهد شد.
سومین هدف ،" فراهم کردن زمينه مناسب برای ابراز فکر و احساس اتباع کشورتوسط گفتار، نوشته، رسم، تصوير، ثبت بر روی نوار، تمثيل (نمايش)، حرکت وساير پديده های علمی، ادبی، هنری و چاپ و نشر". تحقق هدف مذکور نیز فقط در شرایط عادی و نرمال امکان پذیر می باشد، نه در شرایط جنگ.
چهارمین هدف، " رعايت اصل آزادی بيان ورسانه های همگانی مسجل درميثاق بين المللی حقوق بشر با نظرداشت احکام دين مبين اسلام ". درشرایط غیر عادی رعایت اصل فوق غیر عملی می باشد.
پنجمین هدف،" کمک به منظور رشد سالم رسانه های همگانی به نحوی که بتواند وسيله موثر نشر ثقافت درکشور شود، آراء عموم را به طور صادقانه وسودمند به جامعه منعکس کند". گسترش و توسعه ای فرهنگی و رشد همگانی، انعکاس افکارعمومی نیز در محیط آرام و نرمال اجرایی خواهد بود.
باتوجه به بیان اهداف فوق ، وجود شرایط جنگی مانع تحقق اهداف اساسی رسانه ها گردیده و از این طریق بزرگترین آسیب ها برپیکرخانواده ای رسانه ها واردمی گردد. 
ب- وابستگی مالی وسیاسی رسانه ها درزمان جنگ  به جریان های مختلف و متخاصم:
رسانه ها باید با منابع مشخص مالی وکمک های مالی وحمایتی دولت براساس پالیسی ها ی مشخص (سوبسایدها ) به فعالیت اش آغازنماید؛ اما درافغانستان مطبوعات و رسانه ها وابسته به منابع قدرت متفاوت مالی و سیاسی می باشد.
در شرایط جنگ و بحرانی، رسانه های چاپی، دیداری وشنیداری وابسته به احزاب، گروهها وشخصیت های سیاسی به صورت غیر رسمی و در گستره وسیع و نامنظم آغازبه کارکرده وهرنشریه، هفته نامه و روزنامه پالیسی وسیاست خاصی را متناسب باخواست تمویل کننده تعقیب نماید. به همین دلیل مطبوعات وابسته به جریان ها و طیف های مختلف سیاسی و حتی نظامی در شرایط بحرانی و جنگی توان درک و تعقیب اهداف کلان ملی ومیهنی را ندارد وازجانب دیگر مطبوعات وابسته به جیب تمویل کننده ها ثبات لازم را برای ادامه کارنخواهد داشت.
پس از مداخله نیروهای ناتو در افغانستان در پی حملات تروریستی 11 سپتمبر 2001، رسانه های افغانستان دوباره متولد شدند. مبالغ هنگفت سرمایه گذاری خارجی جهت بازسازی کشور هزینه شد که باعث گسترش مطبوعات، رادیو و تلویزیون گردید.امروز افغانستان دارای یک گستره وسیع رسانه یی است که از 65 کانال تلویزیونی، 174 فرستنده رادیویی و صدها روزنامه و مجله تشکیل شده است. تقریبا 86 درصد مردم به خدمات ارتباطی و مخابرات دسترسی دارند.
کارشناسان می گویند، گرچه رشد رسانه ها در افغانستان بی نظیر است، اما این سکه یک روی دیگر هم دارد: میلیون ها دالر کمک بین المللی جهت تاسیس رسانه های مستقل به کشور سرا زیر شدند. بخش بزرگی از 2.8 میلیارد کمک آلمان برای افغانستان نیز به همین منظور هزینه شده است. به نظر منتقدین این حمایت مالی باعث شده که فرستنده های متعدد رادیویی و تلویزیونی مانند سماروق از زمین برویند. آن ها برنامه هایی برای کسب درآمد ندارند و ادامه فعالیت آنها منحصرا به تمویل مالی حمایت کنندگان خارجی وابسته است. این وابستگی باعث ناپایداری مطبوعات ازسویی واتخاذ جهت گیری های مختلف، بعضا متعارض و متناقض با اهداف و ارزش های ملی و جمعی ازسوی دیگر می شود. آشفتگی در جهت گیری ها و تصمیم گیری های سیاسی پیامد های منفی را درپی خواهد داشت. فضای بی اعتمادی و کمرنگ شدن احساسات وعرق ملی و حتا جاسوسی و خیانت ملی  نیز می تواند ازپیامد های منفی این فضاباشد.
ج- خبرنگاران قربانیان گمنام در زمان بحران و جنگ :
ازجانب دیگر، ژورنالیست ها و خبرنگاران مومن به وطن ومردم اش، قدم به قدم بانیروهای امنیتی در مناطق مختلف کشور چون سربازگمنام اخباروگزارش های مربوط به چنگ را پوشش می دهند و یا اصحاب مطبوعات برای پوشش دادن حوادث، نشست های مطبوعاتی و تجمعات اعتراضی مورد خشونت وبی مهری نیروهای امنیتی ومحافظان منابع قدرت قرار می گیرد، لت وکوب می شود و در حوادث تروریستی ، چون مردمان غیر نظامی در معرض خطر و قربانی شدن قرار می گیرد. این وضعیت نیز از دیگرمشکلات دوران بحران ، جنگ یا پسا جنگ می باشد. با گسترش نفوذ گروه‌های مخالف مسلح دولت، رسانه‌ها در دو سال اخیر با چالش‌های بیشتری مواجه شده‌اند. خبرنگاران و کارمندان رسانه‌ها در ولایات و حتی کابل با تهدیدهایی از سوی این گروه‌ها مواجه هستند و در برخی موارد، کارمندان رسانه‌ها پس از تهدید گروه‌های تروریستی مستقیما هدف قرار گرفته‌اند.
شلدون هیمل فارب، کارشناس امور رسانه یی در "انستیتوت صلح" امریکا به دویچه وله گفت: «خبرنگارانی که خطاها و تخلف های جنگ سالاران، شورشیان یا قدرتمندان سیاسی را برملا کنند، مورد تهدید یا لت و کوب قرار می گیرند و یا حتی به قتل می رسند. این مساله امکانات آن ها را برای رسیدگی عمیق تر به مسایل محدود می سازد(2)
د- خشونت علیه خبرنگاران و رسانه ها:
برخورد خشونت آمیز و توهین آمیز علیه رسانه ها وخبر نگاران که از سوی نهاد های مختلف رسمی وغیر رسمی انجام می یابد قصه ای نو نیست  که هر روز در گوشه و کنار کشور تکرار می گردد. خبر نگاران مورد لت وکوب قرار می گیرد، توهین می گردد و یا به قتل می رسد. نهاد حامی رسانه ها (نی) اعلام کرد که ازسال 2001 تاکنون بیش از 105 خبرنگار و کارمند رسانه ها کشته شده است. (3)
آخرین مورد آن برخورد خشن پلیس با خبر نگاران در محاصره لیسه افغان –ترک در کابل که حاکی اربرخورد شدید علیه خبرنگاران از جمله خبرنگارتلویزیون آ ریانا می باشد. با خبر نگاران برخورد های توهین آمیز وغیر انسانی صورت می گیرد، وسایل وابزارهای شان تخریب یا مصادره می شود ونهاد های اجرایی هم دربرابر این نوع برخورد ها بی تفاوت بوده و حمایت موثری از رسانه ها به عمل نمی آید.