طالبان و القاعده به لحاظ گونه شناسی در طول هم قرار می‌گیرند و این دو گروه تروریستی به لحاظ بن‌مایه فکری در ضدیت هم قرار ندارند و این موضوع می‌تواند زمینه‌های تفاهم و همکاری این دو گروه را تقویت نماید. سال 1989 میلادی بود که آخرین سرباز شوروی از افغانستان خارج شد و حکومت کمونیستی افغانستان با کمترین محبوبیت داخلی و عدم حمایت بین‌المللی در برابر اسلام‌گرایانی قرار گرفت که توسط دولت‌های غربی مخصوصاً آمریکا تا به دندان مسلح شده بودند و جهان‌بینی آن‌ها امکان هرگونه سازش با نظام عرفی یا غیرمذهبی را از بین برده بود. در این میان جهادگرایان بین‌المللی که اکثراً عرب تبار بودند در سال 1989 در اطراف فرد ثروتمند سعودی تبار به نام اسامه بن‌لادن جمع شدند و یکی از مخوف‌ترین سازمان تروریستی جهان را بنیاد نهادند. در ابتدای امر نظریه تشکیل چنین سازمانی از سوی عبدالله عزام تروریست فلسطینی مطرح‌شده بود و اسامه صرفاً به لحاظ مالی و اشتیاق فراوانی که در این راستا داشت می‌توانست فرد مهم در این سازمان باشد. در آخرین سال حضور نیروهای شوروی در افغانستان، عبدالله عزام با دو تن از پسرانش در پیشاور به گونه مرموز به قتل رسیدند اما سازمان تروریست القاعده بدون نظریه‌پرداز باقی نماند بلکه ایمن الظواهری تروریست مصری به داد اسامه بن‌لادن رسید و رهبری فکری این سازمان را به عهده گرفت. در ابتدای تشکیل این سازمان در اوایل اغلبا  عرب ها و تعداد پاکستانی و افغانی عضویت القاعده را داشتند. پس از سقوط نجیب الله در 1992 کابل به دست مجاهدین سقوط نمود که سرآغاز جنگ‌های خونین داخلی در کشور شد. دو گروه جهادی افغانی مخصوصاً اتحاد اسلامی عبدالرب رسول سیاف و حزب اسلامی شاخه مولوی یونس خالص با اعضای القاعده رابطه نزدیک داشتند. خالد شیخ محمد مغز متفکر حمله یازدهم سپتامبر از دوستان نزدیک سیاف بود. در نیمه دهه نود میلادی قرن بیستم وقتی بازی به نفع طالبان تغییر نمود، سایر احزاب به حاشیه رانده شدند اما این طالبان بودند که با القاعده وارد یک رابطه استراتژیک شدند. پس‌ازاین که سودان تحت‌فشار عربستان سعودی مجبور به اخراج اسامه بن‌لادن از آن کشور شد، این طالبان بودند که از رهبران القاعده پذیرایی نمودند و برای آن‌ها در شهرهای مرزی افغانستان و پاکستان پایگاه‌های آموزشی ایجاد کردند. مهم‌ترین دلایلی که طالبان و القاعده را وارد اتحاد نمود چند عامل عمده بود ازجمله داشتن دشمنان مشترک، استفاده از توانایی‌های نظامی و امکانات همدیگر و دلایل ایدئولوژیکی. در سال 1996 طالبان در جنوب و شرق افغانستان قدرت فائقه به شمار می‌رفتند اما اسامه بن‌لادن از امکانات مالی و فنی پیشرفته برخوردار بود چیزی که طالبان درنبرد با اتحاد شمال شدیداً به آن نیاز داشتند. القاعده اعضای طالبان را آموزش نظامی می‌دادند، برای آن‌ها تسلیحات و پول فراهم می‌کردند و گاهی اعضای القاعده در کنار طالبان علیه اتحاد شمال می‌جنگیدند و در مقابل طالبان برای اعضای القاعده پناهگاه فراهم نموده بودند و حتی در برخی موارد با اعضای القاعده رابطه خویشاوندی برقرار نموده بودند که رابطه شخصی ملاعمر و اسامه بن‌لادن از این نوع بود. به لحاظ ایدئولوژیکی طالبان برای برقراری امارت اسلامی جنگیدند و جغرافیای آن افغانستان تعریف‌شده بود درحالی‌که القاعده جغرافیای جهانی را هدف قرار داده بود که در ذیل آن جهانی‌سازی جهاد، مبارزه با غرب مخصوصاً آمریکا و سرنگونی دولت‌های غرب‌گرا در خاورمیانه مهم‌ترین اهداف ترسیم‌شده بود.
تا سال 2001 که حادثه یازدهم سپتامبر اتفاق افتاد، میان طالبان و القاعده هماهنگی تام وجود داشت اما حملات القاعده در خاک آمریکا باعث گردید طالبان در مورد آینده رابطه این گروه با القاعده با دودستگی روبرو شوند. عده‌ای از اعضای طالبان پس از درخواست آمریکا مبنی بر تحویل دهی اسامه بن‌لادن این موضوع را مطرح نموده بودند که با تحویل دهی اسامه به آمریکا می‌توانند ازیک‌طرف از حمله آمریکا در امان ‌بمانند و از طرف دیگر با این کار می‌توانند زمینه‌های به رسمیت شناخته شدن این گروه را از سوی جامعه بین‌المللی فراهم نماید. اکثر رهبران طالبان به شمول ملا عمر نظر متفاوت داشتند و تحویل دهی اسامه بن‌لادن را مخالف آموزه‌های اسلام و عرف پشتونوالی دانستند و از طرف دیگر استدلال نمودند که میان طالبان و آمریکا معاهده رسمی وجود ندارد و ازاین‌رو نمی‌توان بن‌لادن را به آمریکا تحویل داد. اصرار طالبان بر عدم تحویل اسامه به آمریکا موجبات سرنگونی این گروه را فراهم نمود. رابطه طالبان و القاعده پس از حمله آمریکا به افغانستان در 2001 دچار و فرازوفرود گردید. هردو گروه در خاک پاکستان پناه گرفتند اما القاعده از دیدگاه نظامیان پاکستانی غنیمتی شمرده می‌شد که از آن‌ها می‌شد در مبارزه با هند در کشمیر استفاده نمود درحالی‌که از طالبان برای شکل‌دهی نظام سیاسی همسو با اسلام‌آباد در کابل و مبارزه بانفوذ هند در افغانستان استفاده نمود. از زمان به قدرت رسیدن باراک اوباما، آمریکا هماره بر این بوده است که طالبان باید رابطه خود را با سازمان‌های تروریستی بین‌المللی ازجمله القاعده قطع نمایند. برخی استراتژیست های طالبان قطع رابطه با گروه های تروریستی را به‌عنوان یک ابزار در راستای عادی‌سازی روابط با آمریکا و قدرت گرفتن این گروه در افغانستان می‌دانند و از همین رو طی مذاکراتی که میان زلمی خلیلزاد و نمایندگان طالبان در دوحه جریان داشت، طالبان تعهد نموده بودند که با گروه‌های تروریستی ازجمله القاعده دیگر رابطه ندارند. پس‌ازاین که دونالد ترامپ نشست کمپ دیوید را لغو نمود، طالبان بار دیگر به تهدیدات خود علیه آمریکا افزودند. طالبان بار دیگر رابطه خود را با القاعده از سر گرفتند و کشته شدن اعضای القاعده و طالبان در حملات هوایی اخیر در ولسوالی موسی قلعه هلمند گواه بر این مدعا است.
آنچه از حادثه اخیر هلمند برمی‌آید این است که تعهد طالبان مبنی بر قطع رابطه با گروه‌های تروریستی بین‌المللی قابل‌اعتماد نیست زیرا طالبان هرچند در قالب معاهدات با کشورهای خارجی مانند آمریکا تعهد نمایند که دیگر با القاعده رابطه نخواهند داشت اما در عمل نمی‌توانند با این گروه‌ها قطع رابطه نمایند زیرا ازیک‌طرف اکثریت مطلق اعضای طالبان با گروه‌های تروریستی القاعده و داعش اشتراک فکری و ایدئولوژیکی دارند و نمی‌توانند به‌صورت یک‌شبه تغییر جهت دهند. از طرف دیگر سطوح رهبری و مذاکره‌کنندگان طالبان به‌صورت تام بر اعضای دون‌پایه طالبان که در میدان‌های نبرد مبارزه می‌کنند و یا خود را منفجر می‌نمایند، کنترل تام ندارند و ازاین‌رو هر نوع تعهد مذاکره‌کنندگان طالبان مبنی بر قطع رابطه این گروه با گروه‌های تروریستی بین‌المللی صرفاً یک توهمی است که نمی‌شود به آن باور نمود. بنابراین بر نخبگان سیاسی و مردم افغانستان است که وعده‌های دروغین طالبان را باور نکنند و در مذاکرات صلح تمامی احتمالات ازجمله پناه دادن مجدد طالبان به القاعده یا هر گروه تروریستی دیگر را در مذاکرات در نظر بگیرند. آنچه از کارنامه طالبان و ماهیت فکری آن‌ها نتیجه‌گیری می‌شود این است که راه برقراری صلح در افغانستان بسیار پیچیده و طولانی است.