طالبان و القاعده دو پدیده‌ی مخالف دولت در افغانستان با ایدئولوژی و انگیزه‌ی مشابه علیه نظام افغانستان و نیروهای بین المللی می‌جنگند، طالبان عمدتا متشکل از نیروهای بومی با حمایت مالی کشورهای بیرونی از دهه هفتاد بدین سو در افغانستان حضور فعال دارند که محوریت این گروه تروریستی باعث گردید تا سائر گروههای تروریستی را از کشورهای همسایه نیز در افغانستان اسکان دهند، سازمان القاعده به عنوان یک سازمانی علیه منافع غرب و قدرت‌های جهانی دقیقا از دهه هفتاد که طالبان بر بخش کلان خاک افغانستان مسلط شدند با این گروه روابط گرم و رسمی خویش را شدت بخشید، حضور القاعده در افغانستان قبل از ظهور طالبان در زمان جنگ افغان‌ها علیه نیروهای شوروی نیز ملموس بود؛ اما آنچنان که فعالیت چشمگیر داشته باشند و از تأثیر گزاری که در حال حاضر بر خوردار اند در آن زمان چنین اثری نداشتند، بلکه به صورت پراکنده در ادغام با آن تعداد نیروهای مجاهدین که همفکر شان بودند بر علیه نیروهای شوروی سابق می‌جنگیدند؛ چنانچه بعضی از سران طالبان از بقایای همان مقطع زمانی است که در حال حاضر نیز علیه دولت موجود فعالیت دارند.
ایالات متحده در توافقنامه‌ی که با طالبان در قطر به امضا رسانیده است در یکی از بندهای آن ذکر گردیده است که طالبان مکلف اند تا با القاعده قطع ارتباط نموده و هرگونه تهدید از جانب این سازمان علیه منافع آمریکا و غرب از خاک افغانستان به عهده طالبان است و این گروه ملزم است تا خطرات القاعده را دفع نماید. با این حال وزارت دفاع آمریکا در گزارشی به کنگرس این کشور گفته است که بر اساس گزارش سازمان ملل متحد و فرماندهی مرکزی قوای آمریکایی «سنتکام» روابط القاعده و طالبان نه تنها قطع نگردیده است؛ بلکه آنان در یک هماهنگی تنگاتنگ علیه نیروهای امنیتی افغان مشترکا می‌جنگند. تمام قرائن و اشتراکاتی که میان طالبان و القاعده وجود دارد بیانگر این است که آنان هیچگاه با همدیگر قطع ارتباط نخواهند کرد؛ زیرا پیوند آنان به استثنای ایدئولوژی و هدف واحد به روابط دوستی نیز کشانیده شده است، ازدواج‌های فامیلی میان اعضای آنان این پیوند را تا حدی مستحکم ساخته است که هیچ توافقنامه‌ی نمی‌تواند عامل بازدارنده در قطع ارتباط به حساب آید.
گذشته‌ی همکاری‌های سیاسی آنان نیز بیانگر روابط استراتژیک نا گسستی است که شک را از جهت اینکه آنان واقعا به مفاد تعهد نامه با آمریکا پا بند باشد برطرف می‌سازد، القاعده جهت باز کردن مسیر جنگی طالبان در یک توطئه‌ی پیچیده احمد شاه مسعود فرمانده ائتلاف شمال را از سر راه برداشت که او به عنوان مانع عمده علیه نیروهای طالبان به حساب می‌آمد، متقابلا طالبان نیز به پاس خدمات القاعده از تحویل دادن بن لادن به آمریکایی‌ها سرپیچی نمود و این موضوع تا آن حد برای آنان مهم بود که حاضر شد امارت شان را به گل روی بن لادن در یک قمار که باخت آن قطعی بود ببازند، وقتیکه این درهم تنیدگی و همفکری عمیق میان این دو سازمان وجود دارد و در قبال حفظ همدیگر هرنوع از خود گذری را روا می‌دارند به دور از تعقل است که انتظار داشته باشیم تا آنان بر مبنی توافقنامه‌ی که اکثر ماده‌های آن پیش پرداخت به طالبان است به آن پا بند بمانند.
گروه طالبان قبل از اینکه خود را یک گروه مطرود و فاقد پایگاه اجتماعی بپندارند، به عنوان دولت در تبعید مدعی اند، آمریکایی‌ها به خوبی می‌دانند که مبنی هدف جنگی طالبان به قول خود شان « مبارزه با اشغال» است، آنان بر مبنی این توجیه، به جنگجویان شان انگیزه می‌دهند، این گروه به همین راحتی‌ها تغییر هدف نخواهند داد، چنانچه از اعلامیه‌های شان پیدا است که واژه‌هایی همچون « کفر» و «اشغالگر» که مخاطب شان نیروهای بین المللی و آمریکایی‌ها است در حال حاضر نیز به همان سبک و سیاق اول زبانه می‌کشد، القاعده نیز با شعار مشابه در برابر غرب و نیروهای آمریکایی می‌جنگند، از همان ابتدا ایدئولوژی مشترک شان عامل پیوند دهنده آنان به حساب می‌آمد، سازمان القاعده به عنوان حامی مالی طالبان هرگونه امکانات مالی که در توان شان بود از این گروه دریغ نمی‌کردند در حال حاضر که آنان خود را بر فراز قله‌ی پیروزی تصور می‌کنند هیچگاه از حمایت همدیگر دست بردار نخواهند شد؛ چون روزهای سخت آنان سپری شده است، اکنون پیمودن مسیر شان در سراشیبی قرار گرفته است، آنان می‌دانند که تصمیم آمریکایی‌ها در قبال آنان نسبت به قبل تغییر یافته است، کسب مواردی همچون مشروعیت بین المللی، سفرهای آزادانه در هر نقطه جهان و آدرس سیاسی مشخص کارزار آنان را نسبت به هر زمان دیگر راحت تر نموده است.
توافق کنونی آمریکا با طالبان با هر انگیزه‌ی که صورت گرفته باشد اگر ضمانت اجراهای مستحکمی در آینده به وجود نیاورند از هر جنبه آن که بررسی صورت گیرد به نفع طالبان و به ضرر جامعه بین المللی و مردم افغانستان است بر مبنی این توافقنامه تا کنون هیچ یکی از مواد آن از جانب طالبان رعایت نگردیده است؛ بلکه اجرآت آن بیشتر از جانب دولت افغانستان به عنوان پیش پرداخت به نفع طالبان صورت گرفته است، رهایی پنجهزار زندانی، کسب وجهه بین المللی، خارج شدن از لیست سیاه و... مواردی اند که طالبان تا کنون از آن بهره برده اند؛ اما قطع ارتباط با القاعده و آماده شدن برای مذاکرات صلح در ظرف یک هفته دو موردی است که باید آنان مطابق به توافقنامه در حال حاضر به آن عمل می‌کردند که هیچکدام تا کنون اجرایی نشده است ؛ بلکه افزایش خشونت‌های اخیر در آستانه برگزاری مذاکرات بین الافغانی، جواب اهانت آمیز این گروه به صلح و مولفه‌های آن است.
در جمع بندی می‌توان چنین نتیجه گرفت که توافقنامه آمریکا با طالبان بیشتر جنبه امتیاز دهی به این گروه دارد تا اینکه آنان ملتزم گردیده باشند با القاعده قطع رابطه نموده و زیر چتر جمهوریت با مردم افغانستان به روال عادی زندگی ادامه دهند، انعقاد چنین توافقنامه‌ی در فقدان ضمانت اجرا، نه تنها که دست و بال طالبان را نمی‌بندد؛ بلکه به آنان فرصت بهتری فراهم می‌کند تا به عنوان نیروی سیاسی بی رقیب یکه تازی نمایند، القاعده با پیوند عمیق ایدئولوژیکی و روابط خویشاوندی که با طالبان دارند هیچگاه قطع ارتباط آنان در فقدان ضمانت اجرایی مستحکم و احتیاط قابل ملاحظه به تحقق نمی‌پیوندد؛ بلکه با قدرت و توانایی بیشتر از قبل در برابر آمریکا و منافع شان از خاک افغانستان استفاده خواهند کرد، توافقنامه قطر به یک سند بدون ضمانت اجرا میماند که محتوی آن در حال حاضر به نفع طالبان تدوین گردیده است؛ لذا اگر بازنگری جدی در تمام موارد فوق با حضور ناظران بین المللی صورت نگیرد در آینده‌ی نزدیک تهدیدات بر علیه آمریکا مضاعف گردیده و افغانستان مجددا به پایگاه تروریسم جهانی مبدل خواهد شد.